東部戰區總醫院組建於2018年11月，以原南京軍區南京總醫院、原第八十一醫院（含八十六臨床部）、原第八十二醫院（含一四九臨床部）、原第三五九醫院為基礎，納入駐寧及周邊地區機關院校15家門診部。
醫院現擁有國家、軍隊、軍區和江蘇省重點學科34個。擁有2名中國工程院院士、1名長江學者、4名百千萬人才工程人選。先後有49人獲得政府特殊津貼，17人次獲得“何梁何利獎”“國家突出貢獻中青年專家”“國家傑出青年基金”等重大獎項。
醫院醫療設備國際一流，擁有術中放療機、“達芬奇”手術機器人、雙源CT、射波刀、PET/CT等現代化醫療設備。推行“醫院管理智能化、醫療信息數字化、機關辦公自動化、衛勤保障精確化”，信息化水平全國一流，是全軍首批數字化示範醫院。處於國際領先的技術有：腎髒疾病一體化診斷治療技術；肝腸脾多髒器聯合移植（亞洲首例）；複雜性腎髒病的中西醫結合治療；腦垂體移植（國際首例）；小腸移植（亞洲首例）；腸外瘺的治療等。
醫院著眼全麵提升遂行多樣化軍事任務衛勤保障能力，加強戰備質量建設，完善綠色救治通道，近年來出色完成了利比裏亞維和、海地救援、讚比亞軍援以及9.14湯山毒鼠強中毒、8.9氯氣中毒、5.25重大交通事故、7.28南京爆炸事件、5.12汶川抗震救災、8.2昆山爆炸事故等國際國內維和救援任務。
醫院先後被表彰為“全國百佳醫院”“全國擁政愛民模範單位”“全軍為部隊服務先進醫院”“全軍國家級應急專業力量建設先進單位”等，“研究型醫院”建設的經驗被中宣部列為重大典型宣傳。湧現出全國重大典型“矢誌報國為民的**共產黨員”,“勝利功勳榮譽”獲得者黎介壽院士、南丁格爾獎獲得者陳聲容等先進典型。
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