昆山市婦幼保健所始建於1956年，是昆山市**一家集婦幼衛生行業管理、婦幼保健技術服務於一體的專業性公共衛生機構，1998年異地新建，總建築麵積1500平方米。昆山市婦幼保健所於2002年順利通過了ISO9001質量體係認證，為單位的全麵發展打下了堅實基礎，屬省內首創。2004年底又通過江蘇省衛生廳等級婦幼保健所機構驗收，成為蘇州地區第一家獲得甲等婦幼保健所稱號的保健機構。
昆山市婦幼保健所與上海複旦大學附屬兒科醫院、複旦大學附屬婦產科醫院等知名醫院建立了良好的長期合作關係，2012年底，成為蘇州大學研究生工作站。承擔著昆山市婦幼保健技術指導、婦幼衛生人員培訓、婦幼保健知識宣等職能，同時麵向廣大婦女兒童提供係統、優質的醫療保健服務。
單位設有9個一級科室、14個二級專科，年專科門診量達到15.6萬人次，已建成市級重點學科3個、所級重點學科4個，市級學科帶頭人3名，引進和培養碩士研究生共8名，本科及以上學曆占86.4%。單位現擁有GE-E8、GE-LOGIQe彩超、澳斯邦全自動酶標儀、雅培化學發光儀等先進設備20多台(套)。
十二五期間，昆山市婦幼保健所將緊緊抓住昆山城市建設向大城市規模化高速發展的契機，不斷加大資金投入，大力引進婦幼保健專業技術人才，在婦幼保健重點學科領域大顯身手，使我所的技術水平、服務能力得到大幅度提高，力爭建設成為省內一流、國內知名的婦幼保健專業機構。
