2000年10月，經省政府（蘇編〔2000〕21號和44號）批準,由原江蘇省衛生防疫站（省結核病防治所）、江蘇省職業病防治所（省職業病防治院）、江蘇省衛生宣傳教育所和江蘇省皮膚病防治研究所（省性病監測中心）合並組建江蘇省疾病預防控製中心，是直屬江蘇省衛生和計劃生育委員會領導的主要從事疾病預防控製工作的公益性事業單位。2002年3月、2008年7月增掛江蘇省衛生檢測檢驗中心、江蘇省公共衛生研究院。2013年，加掛“國家食品安全風險監測江蘇中心”和首批“國家食品安全風險監測參比實驗室（有機汙染物）”。2015年，加掛江蘇省公共衛生實踐教育中心。2014年成功建設申報“國家醫師資格考試實踐技能考試與考官培訓基地（公衛類別）”。
中心現有在職在編職工487名，其中，專業技術人員440人，研究生以上學曆205人，正高級技術職務73人，副高級技術職務94人。現轄31個部門（室、科、所），其中職能部門9個、業務部門18個，其它科室3個，主要有急性傳染病防製、慢性傳染病防製、慢性非傳染病防製、性病與艾滋病防製、免疫規劃、消毒與媒介生物防製、食品安全與評價、兒童青少年健康促進所（學生健康管理辦公室）、環境疾病（地方病）防製、放射防護、職業病防治、毒理與功能評價、理化檢驗、病原微生物研究、健康教育與健康促進、公共衛生信息等專業部門，主辦《江蘇預防醫學》、《江蘇衛生保健》雜誌。
中心成立以來，不斷提升裝備水平，改造完善基礎設施，占地麵積2.79萬平米，2014年省突發公共衛生應急處置中心大樓建成並投入使用。辦公科研實驗用房達4萬平米，固定資產4.04億，50萬元以上儀器設備146台2.31億。2012年，建成國家衛生計生委“急性傳染病防控隊伍”和“核和輻射突發事件衛生應急隊伍”兩支國家級應急隊伍。
中心成立以來，以國家科技重大專項和省“科教興衛”工程為牽引，以衛生部腸道病原微生物重點實驗室為平台，應用研究成就斐然，連年攀升，先後獲得各級各類科技獎114項。其中省部級科技成果一等獎1項、二等獎9項、三等獎17項，市廳級科技成果一等獎26項、二等獎45項、三等獎16項，“十三五” 科教興衛工程立項創新平台1個，重點學科1個，創新團隊2個，重點人才3人；“職業病臨床”獲批“衛生重點臨床專科”。主持國家級、省部級課題101項，其中科技部國家重大專項1項(2009、2011、2013、2015)，科技部863計劃1項，國家自然科學基金21項，省自然科學基金、支撐計劃、臨床專項46項，其他部委及人才培養項目32項；承擔或參與製定國家標準170項，發表論文3173篇，SCI收錄論文從無到有，累計發表380篇，其中《Journal of the Lancet》發表7篇，《The New England Journal of Medicine》發表6篇，《Nature Genetics》1篇，最高影響因子55.873，目前擁有軟件著作權34項，發明專利19項，實用新型專利專利權維持12項，標誌著中心科研、監測、檢測、應急、防控能力逐年躍升，有力保障和促進全省公共衛生事業發展。
中心在江蘇省委省政府和省衛生計生委正確領導下，在社會各界大力支持下，堅持以鄧小平理論、“三個代表”重要思想和黨的十八大精神為指導，以建成具有國際影響力的現代化省級疾病預防控製中心為目標，貫徹科學發展觀，積極倡導“團結、奮進、求實、創新”的中心精神，依據國家法律法規，始終堅持“預防為主”的衛生工作方針，認真履行疾病預防與控製、突發公共衛生事件應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與幹預、實驗室檢測檢驗與評價、健康教育與健康促進、技術管理及應用研究指導等職能，緊緊圍繞重大疾病防製策略，愛崗敬業、勇於進取，開拓創新、創先爭優，成功應對“9.14”湯山投毒、“非典”疫情、禽流感疫情、手足口病、甲型H1N1流感、嬰幼兒毒奶粉、“小龍蝦”事件、瘦肉精、地溝油、人感染H7N9禽流感等多起突發公共事件，圓滿完成援非抗埃國際救援保障任務，支援保障北京奧運、上海世博會、南京青奧會，特別是在應急救援“5.12”汶川特大地震、“4.20”雅安地震和“6.23”鹽城龍卷風冰雹特別重大災害、對口支援西藏拉薩、新疆伊犁和克州、四川綿竹等項目中，鍛煉了隊伍，展現了風貌，樹起了形象，贏得了讚譽。
先後榮獲中共中央精神文明建設指導委員會“全國文明單位”, 中組部“全國防治‘非典’工作先進基層黨組織”, 人事部、衛生部、國家中醫藥管理局“全國衛生係統抗擊非典先進集體”、“全國衛生係統先進集體”， 衛生部、國家食品藥品監督管理局、國家中醫藥管理局、總後勤部衛生部“抗震救災醫藥衛生先進集體”，人社部、國家衛生計生委“全國艾滋病防治工作先進集體”，人社部、國家衛計委、中宣部、外交部、商務部、解放軍總政治部、解放軍總後勤部“埃搏拉出血熱疫情防控先進集體”, 國家衛生計生委“全國疾病預防控製工作先進集體”, 中華全國總工會“全國五一勞動獎狀”，中國教科文衛體工會全國委員會“全國教科文衛體係統模範職工之家”,江蘇省總工會“江蘇省五一勞動獎狀”、“工人先鋒號”、“模範職工之家”,江蘇省委省政府“全省防治‘非典’工作先進集體”、“江蘇省文明單位標兵”等國家級和省部級表彰100多項。
