台州市婦幼保健院成立於1976年，前身是台州地區婦幼保健站，2013年9月實行撤所建院，成立了台州市婦幼保健院（台州市婦女兒童醫院），作為全市唯一一家集預防、保健、醫療、健康教育為一體的市級專業婦幼保健機構，是全市婦幼保健業務技術指導中心，承擔保障全市總人口三分之二的婦女、兒童健康的任務。
2016年5月，台州市政府與溫州醫科大學簽署戰略合作協議，台州市婦女兒童醫院成為溫州醫科大學跨出溫州地區合作建設的第一所直屬附屬醫院，醫院更名為溫州醫科大學附屬台州婦女兒童醫院，同時掛台州市婦幼保健院、溫州醫科大學附屬第二醫院台州院區、育英兒童醫院台州院區牌子。醫院新院區功能定位是以婦幼保健為核心，以臨床技術為支撐，按照三位一體的模式圍繞三個中心化建設體係，通過產後康複、新生兒保健和哺乳質量促進、青春期保健與臨床有特色的孕期保健工作的有機結合，為廣大婦女兒童提供一個覆蓋整個生命周期、全方位的醫療保健服務。
新院區位於台州市椒江區，為台州市政府重點建設項目，定位為三級甲等現代化專科醫院，總用地麵積120畝，規劃床位800張，其中一期建設總投資6億多元，新建床位400張，建築麵積5.1萬平方米，預計2017年9月份建成開業。截至目前，醫院一期工程住院樓主體結構順利封頂。
