廣州醫科大學附屬第二醫院（簡稱廣醫二院）於1982年12月正式掛牌，2004年8月成立廣州醫學院第二臨床學院。2013年6月醫院正式更名為廣州醫科大學附屬第二醫院，廣州醫學院第二臨床學院更名為廣州醫科大學第二臨床學院。經過30餘年的艱苦創業，醫院不斷發展壯大，已發展成為人才隊伍齊備、學科力量雄厚、醫療技術精湛、科教成果豐碩、診療設備先進、醫療服務完善，集醫療、教學與科研於一體的大型三級甲等綜合性醫院和高等醫學院校附屬醫院，成為廣州市重要的醫療診治、醫學教育、醫學研究機構，廣東省、廣州市幹部保健基地。醫院由院本部、番禺院區和西院區組成。
醫院本部位於廣州市海珠區核心地區，雙地鐵昌崗站上蓋。醫院三個院區總占地麵積11.1萬平方米，建築麵積21.93萬平方米，編製床位2500張，設有46個臨床科室，12個醫技科室，附設廣州醫科大學神經科學研究所、廣州心血管疾病研究所，以及1個社區衛生服務中心。現有職工人數3800餘人，其中高級職稱600餘人。擁有享受國務院特殊津貼專家5人、新世紀百千萬人才工程國家級人選1名、國家有突出貢獻中青年專家1名、雙聘院士3名、珠江學者特聘教授1名、廣東省醫學領軍人才3人、廣東省自然科學傑出青年1名。274人次在省、市學術團體各專業學會擔任主任委員、副主任委員。
醫院學科齊全、技術力量雄厚、專科特色突出，在神經係統疾病、心血管疾病、風濕性疾病、過敏性疾病、慢性疼痛防治及腎移植、外科微創手術等領域達到國內先進水平。疼痛科、過敏反應科為國家臨床重點專科，心血管內科、神經外科、重症醫學科、神經內科、急診科、普通外科、康複科、醫學檢驗科、胸外科、腎內科、醫學影像科、眼科、內分泌科和呼吸內科、疼痛科、過敏反應科等16個專科為廣東省臨床重點專科。急診科、疼痛科、過敏反應科3個專科為廣東省高水平臨床專科。25個臨床專業為國家藥物臨床試驗機構，3個專業為國家臨床藥師培訓基地。
醫院擁有最新一代伽瑪射線立體定位治療係統、全飛秒激光近視治療機、3.0T醫用核磁共振成像係統、256排全身高速螺旋能譜CT、雙C臂數字減影血管造影X線機（DSA）、術中放療手術係統、單光子發射型電子計算機斷層掃描儀（SPECT）、正電子發射計算機斷層顯像(PETCT)、機器人手術顯微鏡、數字一體化手術室等一批先進的現代化醫療設備。
醫院負責廣州醫科大學臨床醫學二係、醫學影像學係、麻醉學係的教學工作。承擔了專科、本科、研究生、住培等多層次的教學任務。擁有一支優秀的師資隊伍，該院共有博士生導師77人，碩士生導師152人。內科學教學團隊為國家級優秀教學團隊。內科學課程為國家精品課程、國家雙語教學示範課程，還擁有一批省市精品課程。擁有住院醫師規範化規培基地27個，專科醫師規範化培訓基地1個，協同醫院2家。
臨床醫學為廣東省教育廳第九輪攀峰重點學科，神經內科為廣東省“十二五”醫學重點學科，內科學（心血管病與心血管藥理）和臨床檢驗診斷學為廣州市屬高校重點學科，外科學為廣州市屬高校重點扶持學科，急診醫學科為廣州市醫學重點學科。擁有省部共建教育部重點實驗室1個（神經遺傳與離子通道病重點實驗室）、廣東省重點實驗室2個 、廣東省教育廳重點實驗室2個、廣東省衛計委重點實驗室1個、廣州市重點實驗室3個。近五年獲各級課題立項共計634項，資助經費8049.37萬元。其中，國家自然科學基金立項74項，經費2632萬元。
醫院堅持“以病人為中心”的辦院宗旨，堅守“仁愛、精誠、團結、創新”的院訓，發揚“艱苦創業、求真務實、勇於開拓”的廣醫二院人精神，實行全方位優質醫療服務。以“更好的質量、更好的服務、更好的環境、更合理的費用”為目標，精益求精，追求卓越。以嚴謹的作風、精湛的醫術、優質的服務，贏得了廣大人民群 眾的信任，病人遍及省內外、港澳台和東南亞等國家和地區。醫院被國家衛生部評為“三級甲等醫院”、“愛嬰醫院”和“全國衛生係統先進集體”，榮獲廣東省“文明醫院”、“百家文明醫院”、“白求恩式先進集體”及“廣州市文明單位標兵”、“廣州市最受歡迎三甲醫院”、“廣州市醫保信用‘AAA’級定點醫療機構”等榮譽稱號。
番禺院區位於廣州市番禺區亞運城，前身為“廣州醫科大學附屬第四醫院”，2016年經廣州市編委及廣州醫科大學批準，整體並入廣州醫科大學附屬第二醫院。番禺院區占地麵積82畝，建築麵積6.6萬平方米，設有門診部、醫技樓和住院大樓。開設住院病區12個，現有床位500張，承擔醫療、預防、保健、康複、急診急救、教學科研等任務，主要為番禺、南沙等地區居民提供醫療衛生保障服務。廣醫二院對番禺院區實施“小綜合、大專科”的發展戰略，采取“垂直管理”模式，促進三級醫院優質醫療資源進一步延伸。番禺院區現以器官移植、急危重症救治、放射介入和微創手術治療、腫瘤綜合治療、心腦血管疾病治療為特色，努力成為番禺區醫療衛生事業重要支撐力量。
西院區位於廣州市海珠區廣紙路，前身為“廣紙醫院”，2012年依廣州市政府文件規定整體移交劃轉廣州醫科大學附屬第二醫院。西院區直接管辦南石頭街社區衛生服務中心——是廣州市唯一一家由三甲醫院直接管辦的社區衛生服務中心。目前設有門診部、預防保健科、住院部、醫技科、中西藥房、綜合辦公室5個科室,開放床位75張。服務範圍16個居委、常住人口9.63萬。廣醫二院依托西院區率先探索“緊密型醫聯體”模式，實現了疾病“分級診療、急慢分治”，促進了三級醫院優質醫療資源向基層延伸，使社區居民在家門口就可以享受三級醫院服務，得到了市、區有關部門的一致好評並予以推廣。2015年，廣醫二院以其三甲醫院的雄厚技術實力和優勢在西院區新建兩個病區，設床位50餘張，彌補目前社區眼科、康複專業人員匱乏、治療手段單一的缺陷，進而滿足社區居民多層次的健康需求。
