木瓜籽通常不建議食用。木瓜籽中含有木瓜蛋白酶抑製劑等物質，這些成分在未經處理的情況下可能對人體健康造成不利影響。
木瓜籽中含有的木瓜蛋白酶抑製劑，如果直接食用，可能會影響人體對蛋白質的消化和吸收，甚至引起腸胃不適。此外，木瓜籽中還含有一些生物堿類物質，過量攝入可能會對人體產生毒性作用。因此，為了安全起見，不建議直接食用木瓜籽。
在日常飲食中，如果對木瓜籽的食用有疑問，應谘詢專業醫生或營養師的建議。若不慎食用了木瓜籽，出現不適症狀，應及時就醫，並在醫生指導下采取相應措施。在食用任何食物之前，了解其性質和可能的副作用是非常重要的。