導致流產的原因很複雜，是多種的，早期流產較為常見的原因為染色體異常、內分泌異常、子宮發育不良或畸形。
一、染色體異常 染色體異常包括染色體數目異常，如單體、三體、多倍體;結構異常，如斷裂、缺失、易位均可致流產。有人對自然流產和治療性流產進行染色體的研究，發現在自然流產中核型異常者占60%。核型異常者每伴有胎兒或胎盤等一種結構上的異常。而核型正常者流產的胎兒多正常。
二、內分泌失調 雌激素過多與孕酮不足亦為早期流產的原因。因在妊娠12～14周正處於胎盤形成代替妊娠黃體功能的時期，易有內分泌失調，尤以黃體功能不足。此外，甲狀腺素缺少，使細胞的氧化過程遭受障礙，以及甲狀腺機能亢進與糖尿病等皆易發生流產。
三、胎盤異常與胎盤內分泌不足 早期妊娠時的蛻膜炎可使底蛻膜出血或增生，絨毛上皮細胞及蛻膜細胞被溶解，絨毛內血管阻塞，影響營養物質的吸收與運送，以致孕卵從附著處分離、出血而流產。此外如胎盤內巨大梗塞可使胎盤功能降低，影響胎兒生存;而前置胎盤、胎盤絨毛水腫變性致成流產者亦不少見。妊娠後母血中β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，早孕時如這些激素值下降，則50%流產。
四、血型不合 由於以往妊娠或輸血，致Rh因子、不合的ABO血型因子在母體中產生抗體，此次妊娠由胎盤進入胎兒體內與紅細胞凝集而產生溶血，以致流產。
五、精神神經因素 如驚嚇、嚴重精神刺激等也都可致成流產。近年來通過研究認為，噪音與振動對人的生殖有一定影響。
六、母體全身性疾病
(一)嚴重的急性傳染病和感染疾病：如大葉性肺炎，多伴發生高熱導致子宮收縮，或/和胚胎死亡均可致流產。
(二)慢性疾病：嚴重貧血、心髒病、心力衰竭可引起胎兒缺氧、窒息而死亡;慢性腎炎、嚴重高血壓可使胎盤發生梗死或早剝離而引起流產。
(三)營養不良或藥物中毒：如維生素缺乏，特別是維生素E—生育醇的缺乏，汞、鉛、酒精及嗎啡等慢性中毒，均可引起流產。
七、生殖器官疾病 子宮畸形，如雙角子宮、子宮腔縱隔，常為流產的原因。但子宮發育不良往往是不孕的原因。此外，如子宮肌瘤，尤其是向子宮腔內發展的粘膜下肌瘤或嵌頓在骨舅腔中的卵巢囊瘤，均可影響胎兒的發育而導致流產。子宮內口鬆弛為習慣性流產常見原因之一。近年來發現宮腔粘連患者中，約14%發生在流產後。粘連引起宮腔縮小、變形和子宮內膜麵積減少，且有硬化，影響胚胎發育。
八、免疫因素 對原因不明者，近年來研究發現多數與免疫因素密切相關。
(一)組織相容抗原(histocompatibility locus antigen，HLA)：HLA複合體定位於人的第六對染色體短臂的一個區段上，至少包括4個與移植有關的基因位點：HLA-A、B、C、D/DR等。正常妊娠時夫婦HLA不相容，可維持遺傳的多樣性，防止致死純合子的產生。而習慣性流產夫婦間HLA抗原相容的頻率大於正常妊娠者，其中以DR抗原相同的機會更多。過多的共有抗原，阻止母體對妊娠作為異體抗原的辨認，不能刺激母體產生維持妊娠所需的抗體，缺乏抗體的調節作用。母體免疫係統易對胎兒產生免疫學攻擊，而導致流產。
(二)抗磷脂抗體：為一組自身免疫性抗體，其中包括狼瘡抗凝抗體(LA)及抗心磷脂抗體(acl)。近年來研究發現，在自身免疫性疾病，某些感染、藥物，或不明原因的疾患中，如抗磷脂抗體陽性，習慣性流產發生率極高。患者常有動靜脈血栓形成，血小板減少，考慮致流產的原因是由於血栓形成，引起蛻膜或胎盤功能不足。抗磷脂抗體不是作用於妊娠早期導致流產，而是作用於妊娠中、晚期使胎兒死亡，抗磷脂抗體可能是中晚期流產的因素。
(三)抗精子抗體：在反複自然流產(recurent spontaneous abortion，RSA)夫婦中，研究發現雙方或男方血清中的抗精子抗體。動物實驗證明抗精子抗體有殺死胚胎的作用。提示該抗體的存在與RSA有關。國內亦有報道女方抗精子抗體陽性多見，說明女方對精子的同種異體免疫及丈夫的自身免疫均與RSA有關。
抗精子抗體引起的流產，多發生在3個月以內的早期流產，即母體內精子凝集抗體持續作用於早期胚胎組織致病變，使胚胎受損而流產。
