引起肺炎的病原很複雜，包括細菌、病毒、支原體等多種。但由肺炎球菌引起的肺炎最為多見，達83%，居首位。在世界範圍內，有5-10%的健康成人和20-40%的健康兒童是肺炎球菌的攜帶者。肺炎球菌一般寄居在正常人的鼻咽部，一般不會發病，當人體免疫力下降時，如感冒、勞累、慢性支氣管炎，慢性心髒病、長期吸煙等，肺炎球菌即可乘機侵入人體，引起肺炎、中耳炎、鼻竇炎、腦膜炎、心內膜炎、敗血症等。又由於近年來抗生素的廣泛應用，使肺炎球菌對多種藥物產生了耐藥性，這又為治療帶來了困難。
(一)細菌性肺炎
1、需氧革蘭染色陽性球菌，如肺炎鏈球菌(即肺炎球菌)、金黃色葡萄球菌、甲型溶血性鏈球菌等。
2、需氧革蘭染色陰性菌，如肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、埃希大腸杆菌、綠膿杆菌等。
3、厭氧杆菌如棒狀杆菌、梭形杆菌等。
(二)病毒性肺炎 如腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、 麻疹病毒、巨細胞病毒、單純皰疹病毒等。
(三)支原體肺炎 由肺炎支氣體引起。
(四)真菌性肺炎 如白色念珠菌、曲菌、放線菌等。
(五)其他病原體所致肺炎 如立克次體(如Q熱立克次體)、衣原體(如鸚鵡熱衣原體)、弓形體(如鼠弓形體)、原蟲(如卡氐肺孢子蟲)、寄生蟲(如肺包蟲、肺吸蟲、肺血吸蟲)等。機體免疫力低下者(如艾滋病患者)容易伴發肺部卡氏肺包子蟲、軍團菌、鳥形分支杆菌、結核菌、弓形體等感染。
