①胚胎發育階段實心期中腸空化不全可產生腸閉鎖或狹窄。
②胎兒期腸管某部的血運障礙，如胎兒發生腸扭轉、腸套疊、胎便性腹膜炎及粘連性腸絞窄、腸穿孔、內疝、腸係膜血管發育畸形致成腸管某部血運障礙，使腸管發生壞死、吸收、修複等病理生理過程而形成腸閉鎖。北京兒童醫院曾見到7例腸閉鎖，切除標本的腸腔內呈腸套疊改變，並多次見到腸閉鎖合並腹腔內粘連及散在鈣化灶的病例。先天性腸閉鎖最常見於空腸下段及回腸，十二指腸次之，結腸閉鎖則較為少見。而腸狹窄則以十二指腸最多，回腸較少。腸閉鎖有兩種病理形態：一種為膜式閉鎖，腸管內有一隔膜將腸腔隔斷形成閉鎖，多見於十二指腸及空腸，外觀仍保持其連續性。另一種腸管外觀失去其連續性，或僅有一纖維索帶相連，梗阻兩端腸管均呈盲端，多見於空腸下端及回腸。單一閉鎖較多見，也有多發閉鎖者約占7.5%～20%。閉鎖近端腸管因長期梗阻而擴張，直徑可達3～5cm，腸壁肥厚，也可發生局部貧血、壞死、穿孔。遠端腸管細小癟縮直徑4～6mm，腔內無氣，僅有少量粘液及脫落的細胞。若腸閉鎖發生在胎便形成以後，閉鎖遠端可有少量黑綠色胎便。
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