病因
(1) 肝硬化，以肝炎後肝硬化最多見 。
(2) 重症肝炎，主要是乙型肝炎，其次為甲型肝炎和非甲非乙型肝炎，以及中毒性肝炎、藥物性肝炎。
(3) 原發性肝癌。
生物化學機製
一氨中毒與肝昏迷
關於氨中毒的機製，據認為是由於肝功能不全情況下，血氨的來源增多或去路減少，引起血氨升高，腦組織對氨毒性極為敏感，因而出現腦功能障礙而導致昏迷。正常血氨來自腸菌產氨（每日約4g）、腎泌氨、肌肉組織產氨等，而解除氨毒性的機製主要靠肝內的尿素合成。由於肝嚴重病變導致肝功能不全，清除氨的能力大為降低，加之門腔靜脈短路，使由腸管回血液的氨不經肝解毒而直接進入體循環，造成高氨血症與肝昏迷。飲食蛋白過多、消化道出血、攝入銨鹽、放腹水以及應用利尿劑等均可引起血氨的升高或氨毒性增加，從而能誘發肝昏迷。
氨對腦組織的毒性作用在於氨主要是幹擾了腦的能量代謝，使高能磷酸化合物（ATP等）濃度降低。氨對腦細胞代謝的幹擾有下述幾方麵：①氨能抑製丙酮酸脫氫酶的活性，影響乙酰輔酶A的生成，既幹擾了三羧酸循環的起始步驟，又影響了神經遞質乙酰膽堿的生成；②氨中毒時，腦內以形成穀氨酰胺的方式解毒，從而消耗了較多的NADH（α-酮戊二酸經還原性氨基化而生成穀氨酸），影響線粒體氧化磷酸化的正常進行，妨礙ATP生成；③大量氨與α-酮戊二酸結合生成穀氨酸，可使三羧酸循環中的α-酮戊二酸耗竭，妨礙了供能物質在腦細胞中能量的釋放與轉換。由於α-酮戊二酸及草酰乙酸難於通過血腦屏障，腦內轉氨酶活性低，難於使α-酮戊二酸等得到補充，因此氨中毒使腦細胞三羧酸循環發生障礙，ATP的生成減少；④氨和穀氨酸合成穀氨酰胺時增加ATP消耗；⑤氨能激活神經細胞膜上的Na、K-ATP酶，並和K有競爭作用，影響離子分布和神經傳導的正常進行。
應當指出，氨中毒現象並不能解釋所有肝昏迷的發生，有些病例血氨並不高，降血氨療法亦不一定有效，尚須探討其他機製。
二假神經遞質學說
在腸管內，一部分氨基酸經腸菌的氨基酸脫羧酶作用而形成胺類，如苯丙氨酸及酪氨酸脫羧形成苯乙胺及酪胺，正常情況下可被肝內單胺氧化酶分解而清除。肝功能不全時，由於肝內單胺氧化酶活性降低或門體側支循環的形成，於是芳香胺類直接經體循環入腦，經腦內非特異羥化酶作用，於是苯乙胺羥化而生成苯乙醇胺，酪胺經羥化而生成鱆胺（β-羥酪胺）由於苯乙醇胺及鱆胺與兒茶酚胺遞質（多巴胺、去甲腎上腺素）結構相似，又不能正常地傳遞衝動，故稱假神經遞質。
假神經遞質被釋放後引起神經係統某些部位（如腦幹網狀結構上行激動係統）功能發生障礙，使大腦發生深度抑製而昏迷。黑質、紋狀體通路中的多巴胺被假遞質取代後，使乙酰膽堿的作用占優勢，因而出現撲翼樣振顫，當然，假遞質學說也不能解釋全部肝昏迷的發生機製。
三氨基酸不平衡與肝昏迷
近20年來關於肝昏迷時氨基酸代謝異常的資料表明：在嚴重肝功能損傷和有門腔靜脈短路的條件下，由於種種原因引起體內氨基酸代謝異常。最突出的表現是血中支鏈氨基酸（纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸）濃度明顯降低，芳香族氨基酸（苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸）明顯增高，從而引起腦功能障礙。
由於芳香族氨基酸主要在肝內分解，當肝功能不全時，芳香族氨基酸在肝內代謝發生障礙，因而在血中的濃度增高；支鏈氨基酸主要在肌肉組織中代謝，由於肝功能不全時胰島素的滅活發生障礙，在高水平的胰島素的作用下，支鏈氨基酸大量進入肌肉組織被分解，因此血漿中的支鏈氨基酸的濃度降低。芳香族氨基酸進入腦組織，可引起假神經遞質的產生增多，色氨酸可使5-羥色胺的生成增多，後者為抑製性神經遞質，使中樞進入抑製狀態。而支鏈氨基酸的降低使得血腦屏障上芳香族氨基酸占了優勢，缺少了競爭載體的對象，於是大量進入腦內，上述氨基酸代謝的不平衡引起嚴重的後果。
上述三種學說可能解釋不同情況下肝昏迷發病機製的主要方麵。
肝硬化患者便秘可導致肝昏迷
便秘患者，因為大便幹燥，難於排出，故臨廁時必然拚力努責，這會使腹腔內壓力突然增加。對於肝硬化的患者，腹腔內壓力的突然升高，就會使因門脈高壓而迂曲擴張的食管—胃底靜脈發生血管破裂而出血，從而導致患者大量的嘔血、便血，甚至危及生命。
人體的肝髒就像個大的化工廠，除了會合成許多體內所必需的物質外，還會把體內產生的或攝人的有害物質清除掉，以保證體內的清潔。當肝髒有病後，如在肝硬化時，肝髒功能受到嚴重損害，許多代謝解毒途徑都會出現故降，血液裏的氨和其他有害物質就多，這些有害物質會影響大腦的正常功能，造成肝性腦病，即肝昏迷。便秘患者，可使糞便中含氮的物質與腸道內的細菌接觸時間延長，促使氨及其他有毒物質的產小和吸收，從而導致和誘發肝昏迷。所以，肝硬化患者在出現便秘時，應及時處理，以使大便經常保持通暢，防止引起肝硬化患者的嘔血及誘發肝昏迷。
誘發因素
(1) 肝硬化病人大量嘔血便血，腹水病人大量放腹水或利尿治療後。
(2) 各種肝炎、肝硬化和肝癌合並細菌感染，加重肝髒解毒的負擔。
(3) 以上肝病病人出現嘔吐、腹瀉、便秘、營養吸收不良、腸道毒素入血，促進肝昏迷發生。
(4) 嚴重肝病飲食不節，飲酒或食用過量的肉、蛋、奶等食物，血氨升高誘發肝昏迷。
(5) 有以上肝病而使用某種藥物不當，如鎮靜藥、止痛藥、抗癲癇藥、磺胺類藥、抗結核藥。
