食物變態反應的診斷，首先根據詳細的病史、皮膚試驗或RAST的結果判定。如果疑為IgE介導，應排除有關食物必要時做盲攻擊，但病史中有過嚴重過敏反應者或診斷明確者不做。疑為非IgE介導的食物所致胃腸道疾病，其診斷在攻擊前和攻擊後需做活檢，無條件時應做食物的排除和攻擊試驗。根據病史和(或)皮膚試驗疑為IgE介導的疾病或食物誘發的小腸結腸炎，應排除可疑食物1～2周。其他胃腸變態反應疾病排除可疑食物可長達12周。如果症狀未改善，則不大可能是食物變態反應不能僅根據皮膚試驗或RAST做出Ⅰ型食物變態反應的診斷。許多患者據此被誤診為某種食物所致的食物變態反應，而避免了他們不該禁食的食物因此病史和食物的盲攻擊對病因的診斷很重要。臨床還注意到，IgE型和非IgE型可同時存在或相互轉化，以及患者隨時可能對新的食物變應原過敏
食物過敏引起的症狀具有多樣性和非特異性，應與非變態反應所引起的消化道和全身性疾病鑒別，如各種原因引起的消化不良、膽石症、炎症性腸病、乳糜瀉等。 進食某些食物後引起的不良反應，不能都認為是食物過敏。現引用1984年美國過敏和免疫學會提出的關於食物異常反應的概念如下。
1.食物異常反應(abnormalreactionoffood)食物異常反應是一個總的概念，適用於由攝入的食物和(或)食物添加劑引起的所有異常反應包括人體對食物成分或添加劑引起的免疫反應(IgE介導和非IgE介導的免疫反應)及非免疫性副反應如食物不耐受，中毒性代謝性、藥理性和特異體質的反應以及精神心理因素所引起的異常反應等。
2.食物不耐受(foodintolerance)食物不耐受是指食物和(或)添加劑引起的異常生理反應是由食物或添加劑引起的非免疫反應(如中毒性、藥理性、代謝性感染性反應及其他非免疫因素所致的異常反應)，它與食物異常反應的主要區別是不涉及免疫反應，但可由非免疫因素引起的肥大細胞釋放炎症介質參與
3.食物中毒(foodtoxicity/poisoning)食物中毒是由於進食被毒物汙染或本身具有毒性的食物和(或)食物添加劑，在效應部位積累到一定量而產生的全身性疾病，可分為細菌性和非細菌性食物中毒兩大類。毒物可來自汙染的微生物與食物本身(如河豚、生魚膽等)，也可源於其他化學物質(如砷汞、有機磷農藥等)。此異常反應一般無免疫因素參與。
4.藥理樣食物反應(pharmacologicfoodreaction)藥理樣食物反應指食物及其衍生物和(或)食物添加劑中含有內源性藥理作用樣物質(如咖啡因、組胺等)，攝入機體達到一定量後，產生的某種藥物所具有的藥理作用及表現。
5.假性食物過敏(foodpseudo-allergy)假性食物過敏多指由於精神及心理因素引起的食物異常反應其臨床表現類似食物過敏，但不涉及免疫機製介導的化學介質的釋放。
6.食物過敏(foodallergy/hypersensitivity)食物過敏是指部分人群由食物或食物添加劑引起的免疫反應。進食少量有關食物即可誘發，與食物和(或)食物添加劑的生理作用無關，涉及免疫機製引起的化學介質的釋放。 食物中毒、藥理樣副作用和食物不耐受等一般不涉及機體的免疫反應，與食物的過敏反應不同，臨床上應注意區分，尤其應避免將食物過敏反應誤診為食物的毒副作用或食物不耐受。
一般預後良好，多隨年齡增長而逐漸緩解。但處理不當、病情遷徙發展，常致營養不良、生長障礙。 有患特應性疾病高度危險的小兒(指父母一方或雙方患特應性疾病)，特別是生後最初3～6個月鼓勵人乳喂養。還應記住許多食物變態反應的嬰兒後來發生了其他特應性疾病。因此遇有變態反應家族史的嬰兒，醫師要將這種可能性告訴父母，勸告他們不要吸煙，不要在室內養動物保持室內環境清潔衛生。
