比較常見的主要有有慢性前列腺炎、精囊炎等。
慢性前列腺炎的疼痛並不止局限在尿道和會陰，還會向其附近放射，以小腹痛、小腹墜漲、下腰痛最為多見。另外，陰莖、精索、睾丸陰囊、小腹、腹股溝區(大腿根部)、大腿、直腸等處均可受累。需要指出的是，慢性前列腺炎引起的腰痛在下腰部，與骨科原因的腰痛如肌筋膜炎、腰肌勞損等雖易混淆，但後者多在係皮帶處附近，較前列腺炎引起的腰痛位置偏高，可以鑒別。
精囊炎：急性者可見下腹疼痛，並牽涉到會陰和兩側腹股溝。慢性者則可出現恥骨上區隱痛，並伴會陰部不適。疼痛症狀在射精時明顯加劇。
有一些男性在性交後會出現陰莖、小腹疼痛感覺，首先你不必害怕，這是一種正常現象，陰莖在勃起後大量充血，而某些男性回血功能比較弱，造成性交後陰莖、小腹比較漲疼(一般會持續1到3個小時)，這不是大問題。
常見的男性生殖器官感染疾病主要有“五炎”，即睾丸炎、尿道炎、前列腺炎、非細菌性前列腺、附睾炎。
1、睾丸炎：是由各種致病細菌和病毒通過血液、淋巴管與輸精管或附睾途徑感染引起，其中以腮腺炎引起的睾丸炎最為常見。腮腺炎是病毒引起的急性傳染病，成人患腮腺炎後易並發睾丸炎。在急性期，患者表現為陰囊皮膚紅腫脹痛，行走時有明顯墜脹感覺。若在急性期治療不當，可轉為慢性睾丸炎。
2、附睾炎：是由於尿道狹窄、前列腺增生、尿道炎及感染結核和淋病，通過逆行蔓延引起的。附睾緊貼於睾丸的後外側，由一條彎曲盤回的附睾管組成，具有促進精子成熟、貯存精子和吸收衰亡精子的重要作用，故雙側附睾有病變時可造成不育。在急性期表現的症狀為陰囊腫脹、疼痛，可牽扯下腹部及大腿根部，行走不便。急性期治療不徹底可轉為慢性附睾炎，所以在急性期治療一定要徹底。
3、前列腺炎：多由尿道炎直接蔓延所致，或是其它組織器官急性炎症經血液及淋巴感染引起，是中青年男性的一種常見病。急性前列腺炎起病急，多表現為全身無力、腰部酸痛，會陰及肛門有不適下墜感，伴有尿痛、尿頻、尿急甚至有血尿，有的人性欲減退，出現早泄或陽痿等。
4、非細菌性前列腺炎：有尿頻、尿急、性功能障礙等症狀，但化驗檢查不能發現細菌。主要是由於性生活過度、處於性興奮狀態過久或因騎車、騎馬使盆腔充血等因素誘發。
5、尿道炎：多係逆行感染，即病菌直接侵入尿道所致。患者在急性期表現為尿道黏膜充血、水腫，或有糜爛潰瘍形成，尿道口紅腫，有黏液性或膿性分泌物，尿道壓痛、變硬;重者可影響到附睾、精索。
男性小腹痛的鑒別診斷
(1) 飽餐、飲酒後突然發作上腹部劇痛，應考慮胃、十二指腸穿孔。
(2) 右上腹痛呈陣發性絞痛，放射至右肩，多為膽囊炎、膽石症。
(3) 上腹正中偏左劇烈腹痛，伴嘔吐、疼痛呈持續性痛，陣發性加重，放射到側腰部，應考慮急性胰腺炎。
(4) 開始在上腹部痛，數小時後轉到右下腹痛，伴惡心、嘔吐，多為急性闌尾炎。
(5) 側腹或下腹陣發性絞痛，放射至腰背部、會陰部的，伴有尿頻、血尿為輸尿管結石。
(6) 腹痛伴腹瀉，應考慮腸炎、痢疾、副霍亂等傳染病。
(7) 持續腹痛伴嘔吐不止的，可能為腸梗阻。
(8)沒有患前列腺炎，而是尿道肌肉、前列腺肌肉、或者是會陰部及骨盆底部的肌肉痙攣性疼痛引起的類似於慢性前列腺炎的不適。給這類患者做肛門指檢時，前列腺觸診無異常，無壓痛，而肛門兩側的提肛肌等處卻有較明顯的壓痛。可判斷出這是前列腺痛。
專家指出，不論生殖器官哪個部位出現症狀，都會影響性生活甚至引起不育，所以青年在婚後為了維持正常的性生活、保持和諧的夫妻關係、防止性功能障礙和不育，要積極地進行預防和治療生殖器官感染，而科學的診療方法是治愈泌尿生殖感染的關鍵。
