凡新生兒有口吐白沫、生後每次喂奶後均發生嘔吐或嗆咳、青紫等現象，再加以母親有羊水過多史或伴發其他先天畸形，都應考慮有先天性食管閉鎖的可能。腹部平軟表示無瘺管存在。上段有瘺管多出現奶後嗆咳、呼吸困難等症狀。下部有瘺管則出現腹脹。進一步明確診斷，簡易方法可從鼻孔插入8號導尿管，插入到8～12cm時，常因受阻而折回，正常小兒可順利無阻通入胃內。但應注意有時導管較細可卷曲在食管盲端內，造成入胃假象。檢查有無瘺管，可將導尿管外端置於水盆內，將導管在食管內上下移動，當尖端達到瘺管水平，盆內可見水泡湧出，患兒哭鬧或咳嗽時水泡更多，根據插入導管長度也可測定瘺管位置。如有條件可拍X線平片，觀察導尿管插入受阻情況，同時了解盲端高度，一般在胸椎4～5水平。Ⅰ型、Ⅱ型胃腸內不充氣。Ⅲ型或Ⅳ型、Ⅴ型空氣由瘺管入胃，可見胃腸充氣。經導尿管注入碘油1～2ml做碘油造影可檢查有無瘺管，一般不做常規檢查，忌用鋇劑，因有增加吸入性肺炎的危險。有人用食管鏡或氣管鏡直接觀察，或在氣管鏡內滴入美藍，觀察食管內有無美藍流入。應盡量爭取在尚未繼發肺炎時明確診斷。同時注意檢查有無肺炎及其他髒器畸形(心髒、消化、泌尿)。
在診斷上，對不同型的食管閉鎖進行鑒別具有重要意義。
按食管閉鎖的部位以及是否並有食管氣管瘺，先天性食管閉鎖可分為五種類型。
Ⅰ型86.5% Ⅱ型0.8% Ⅲ型7.7% Ⅳ型0.7% Ⅴ型4.2% 。
1.食管近段為盲端，遠段通入氣管後壁，形成食管氣管瘺。據Holder統計，此型最常見，約占86.5%。
2.食管近段通入氣管後壁，形成食管氣管瘺，遠端為盲端。此型少見，約占0.8%。
3.食管近段及遠段均為盲端，不通入氣管，無食管氣管瘺。此型占7.7%。
4.食管近段及遠段均分別通入氣管後壁，形成兩處氣管食管瘺。此型亦很少見，占0.7%。
5.食管腔通暢，無閉鎖，但食管前壁與氣管後壁相通，形成食管氣管瘺，占4.2%。
此外，鑒別診斷的疾病還應包括伴有或不伴有發紺的先天性心髒病;主動脈弓畸形;所有引起新生兒呼吸窘迫綜合征的病變;喉食管裂畸形;神經性吞咽困難;胃食管反流等。
本病的治療手術是根本措施。在預防上主要是盡量做到早期發現，早期診斷，早期治療。對伴羊水過多的孕婦應警惕先天性畸形發生的可能。羊水穿刺造影和羊水甲胎蛋白、乙酰膽堿酯酶同時升高有助於產前診斷。若見新生兒唾液過多須經常吸引，應高度警惕本病的可能。此時切忌行所謂“診斷性喂食”，而應行食管插管檢查，以避免肺炎發生及盡早明確診斷。
在作食管造影時切忌應用鋇劑以免導致鋇肺、一般可造用水溶性碘劑，量要少。顯影劑須由導管緩慢注入盲端。攝片後立即吸淨顯影劑，以防引起肺炎。
