根據尿中的細菌含量來診斷。
1 無症狀性菌尿：亦稱隱匿性菌尿，指病人有真性細菌尿，而無泌尿係感染的臨床症狀。無症狀性菌尿常見於女性，臨床上常無泌尿係感染的症狀和體征，尿常規檢查改變不明顯，僅有細菌尿。此病可由症狀性泌尿係感染演變而來。致病菌多為大腸杆菌。其細菌可來自腎髒或膀胱，故對有持續性細菌尿的病例需進一步定位，並檢查是否有泌尿係解剖上的異常，給以恰當的治療。
2 尿道綜合症：又稱無菌性尿頻—排尿不適綜合症。病人間歇或持續出現尿頻、尿急、排尿疼痛症狀，常以尿頻為主要表現。多為女性，但多次尿培養均無細菌。其病因尚不明確，但是有人認為，
與尼龍褲、婦科炎症、過分焦慮、尿道動力學功能異常等因素有關。急性尿道綜合症在臨床上常可見到，有時中年女性雌激素分泌降低，陰道和尿道粘膜分泌的粘液減少，同時會引起陰道、尿道粘膜幹澀，局部抵抗力降低、易引起泌尿係感染外，無泌尿係感染時亦可出現排尿不適感，且反複多次作尿沉渣和尿培養均陰性。在這種情況下，給予小劑量的尼爾雌醇治療，同時穿寬鬆的棉內衣褲對症狀有明顯改善。另外，診斷此病時要同時排除泌尿係結核、厭氧菌、真菌、淋球菌、支原體、衣原體感染。
3 隱匿性腎小球，腎炎：此病以單純血尿或單純性蛋白尿為主。但有些病人會伴有白細胞尿，但這類病人給予相應的抗炎治療後，紅細胞尿、蛋白尿仍然持續存在。必要時可作腎活檢進行鑒別。
4 腎結核：腎結核以血尿為主要表現，伴有明顯的膀胱刺激症狀，易誤診為泌尿係感染。但如患者經過積極抗炎治療後，仍然有尿頻、排尿不適感或尿沉渣異常，應高度重視有無腎結核，仔細檢查是否有肺結核或盆腔結核的存在，同時作皮膚OT試驗，血結核抗體檢查，尿沉渣塗片找抗酸杆菌和結核培養，如為陽性，應診斷為腎結核。
孕期菌尿一般不易被發覺，為此，專家建議，孕婦在懷孕早、中、晚期和產前，應常規作清潔中段尿的細菌培養，以了解有無菌尿存在。
