1、大多數先天性內斜視患者：第一眼位有交替注視(alteRNAte fixation)，雙眼視力相等，向兩側看時有交叉注視，即向右看時，左眼注視，向左看時，右眼注視。少數患者無交替性注視，斜視眼可發生弱視(amblyopia)，弱視發生率約占40%，並且弱視程度很深，伴有旁中心注視。
2、斜視角大;一般大於30△，約有50%患者超過50△，遠近距離斜視角相等，且穩定，不受調節影響，偶見斜角在幾個月內有明顯改變。應該注意的 ，患兒兩眼常常不能外展，但這不是雙眼外展神經麻痹，而是繼發於交叉注視的結果。另一種情況是，先天性內斜視患兒偏斜度較大，且有弱視，但無交叉注視，此容易將有旁中心注視眼誤認為是一側外展神經麻痹。事實上，先天性單側或雙側外展神經麻痹是很少見的。
先天性內斜也應與眼球後退綜合征、Mobius綜合征、外展神經麻痹來鑒別，其鑒別方法如下：①將患兒頭部固定於直立位，使患兒頭部輕微地水平快速及緩慢轉動，給迷路以刺激，尤其是水平半規管，瞬間可出現一細微的外展運動，發能密切觀察，可以發現;②將有交叉性注視的先天性內斜患兒，包括一眼數日，則另一眼可產生外展運動;③牽引試驗，在全身麻醉下，有交叉注視的先天性內斜患兒，牽引試驗正常，外展時被動性阻力。如麻醉加深時，內斜視可以消失，並且可呈現外斜。
3、常合並垂直性斜視：先天性內斜視患兒至2～3歲時，可出現分離性垂直性斜視(dissociated vertival deviation,DVD)，表現為非注視眼上轉、外旋，注視眼下轉、內旋;78%患者伴有下斜肌功能過強;還可見眼球震顫，為旋轉性或水平性，震顫有時是隱性的，僅僅在遮蓋一眼後出現，或在內收時眼震減輕，外展時眼震增加。
4、睫狀肌麻痹屈光檢查證明輕度、中度遠視占90%，雙眼屈光相近似，散光或近視也可存在。
5、AC/A正常。
6、①測量斜視角，由於嬰幼兒不易做三棱鏡遮蓋試驗，常用Hirschberg和Krimsky方法測量，令患兒注視燈光，用基底向外三棱鏡看用多大度數能將角膜反光點映在角膜中央即為斜角。②散瞳驗光。③較大兒童做知覺試驗。
先天性的斜視的臨床特征是偏斜角大，斜視角穩定，伴有眼球運動異常。先天性內斜視可發生在全身正常小兒，也可發生在大腦麻痹和腦積水嬰幼兒，發生在腦損傷患兒，其斜角多有變異隨年齡增長，斜角可消失，偶有6月～1歲時，內斜視可以變為外斜。
與原發性共同性內斜視、共同性外斜視等相鑒別。
先天性內斜也應與眼球後退綜合症、Mobius綜合症、外展神經麻痹來鑒別。
斜視兒童的早期發現和及時有效的治療至關重要。因此，家長和老師要注意觀察兒童的異常先兆，3歲以上兒童要定期查眼，以便及時發現，及早治療，避免造成無可挽回的後果。專家建議，為防止兒童斜視、弱視的發生，要加強兒童眼睛保健，切實合理用眼，避免超負荷用眼。
