神經係統疾病的診斷要包括定位診斷、定性診斷和病因診斷，往往要先作出定位診斷即指出病損在神經係統具體部位。不同部位的病變綜合征是定位診斷的依據。定位診斷往往有助於疾病性質的決定。許多疾病病因不明，因此難以作出病因診斷。在神經係統疾病的診斷方麵，病史和體格檢查十分重要，腦脊液檢查和其他實驗室檢查、肌電圖、腦電圖也往往能提供重要線索。神經係統影象學檢查在一些疾病的診斷上起重要作用，尤其是電子計算機斷層成像術(CT)和磁共振成像術應用後，氣腦造影、腦室造影、腦血管造影等的應用大為減少。正電子發射斷層掃描、單光子發射計算機斷層掃描、經顱多普勒超聲檢查、定量腦電圖、神經係統誘發電位、數字減影腦血管造影、眼震圖等新技術均有助於神經係統疾病的診斷。
神經係統疾病中有許多病因不明，分類也很混亂、重疊現象，因此大致可按病因、部位、病理等分類。
按病因分類 如上節所述。但許多疾病病因不明，難以歸入病因明確的類別。
按部位分類 分為中樞神經疾病、周圍神經疾病、植物神經疾病以及肌病等。各部位疾病又可按病因、病理變化而分為細類。
按病理變化分類 可分為變性病、脫髓鞘疾病、炎症性疾病、畸形、出血。
按病程分類 分為急性(如流行性乙型腦炎、化膿性腦膜炎)、慢性(占大多數)。
病因明確、病原體可消除的疾病(如流行性腦膜炎、腳氣病)可采取適當的治療措施治愈。有些免疫性疾病可用免疫抑製藥治療。有些畸形可用手術治療。許多變性病、代謝病無特殊治療，多行對症治療。
