原發性肝內硬化綜合征可能是由於自身免疫異常而致隔膽管及小葉間膽管非化膿性破壞性炎症，伴膽小管增生；破壞、瘢痕形成；肝小葉結構破壞、再生結節形成；呈現明顯膽汁淤滯的肝硬化組織學改變。同時也可以因為長期酗酒、以及肝炎病毒感染等導致肝內膽管的非特異性炎症、纖維化形成。
原發性肝內硬化綜合征會引起肝性腦病、上消化道大出血、肝腎綜合征，易並發各種感染，如支氣管炎、肺炎、結核性腹膜炎，原發性腹膜炎，膽道感染及革蘭陰性杆菌敗血症等。
1、上消化道大出血
肝硬化上消化道出血，大多數由於食管、胃底靜脈曲張破裂，但應考慮是否並發消化性潰瘍、急性出血糜爛性胃炎、賁門撕裂綜合征等胃黏膜病變。曲張的靜脈破裂出血多因較粗糙較硬的或有棱角的食物創傷，食管受胃酸反流的侵蝕、劇烈嘔吐等引起。出現嘔血和黑便。若出血量不多，僅有黑便。如果大量出血可引起休克。肝髒缺血缺氧的情況下常使肝功能惡化。出血又使血漿蛋白丟失，可導致腹水形成。血液在腸道經細菌分解產氨被腸黏膜吸收後，可誘發肝性腦病甚至導致死亡。出血後原來腫大的脾髒可以縮小甚至觸不到。
2、感染
由於機體免疫功能減退、脾功能亢進以及門體靜脈之間側支循環的建立，增加了病原微生物侵入體循環的機會，故易並發各種感染，如支氣管炎、肺炎、結核性腹膜炎，原發性腹膜炎，膽道感染及革蘭陰性杆菌敗血症等。原發性腹膜炎是指肝硬化病人腹腔內無髒器穿孔的腹膜急性炎症，發生率占3％～10％。多發生於有大量腹水的病人，多為大腸埃希杆菌引起。其原因為肝硬化時吞噬細胞的噬菌作用減弱，腸道內細菌異常繁殖，通過腸壁進入腹腔。又因肝內外血管結構的改變，細菌還可通過側支循環引起菌血症或帶菌淋巴液自肝包膜下或肝門淋巴叢漏入腹腔而引起感染。臨床表現發熱、腹痛、腹脹，腹壁壓痛及反跳痛，腹水增多，血白細胞增高，腹水混濁，呈滲出液或介於滲出液與漏出液之間。腹水培養可有細菌生長。少數病人無腹痛發熱，而表現為低血壓或休克，頑固性腹水及進行性肝功衰竭。
3、肝腎綜合征
肝硬化合並頑固性腹水時未能恰當治療或療效欠佳，易出現肝腎綜合征。其特征為少尿或無尿、低血鈉與低尿鈉，腎髒無器質性改變，故亦稱功能性腎衰竭，其發病原理尚不完全清楚。
原發性膽汁性肝硬化是一種自身免疫性肝髒疾病，為一種原因尚不清楚的慢性肝內膽汁淤積，臨床上起病隱匿，多見於女性患者，臨床表現為疲乏無力，全身瘙癢、黃疸、色素沉著和（或）黃色瘤，也可以腹痛、惡心、嘔吐、水腫、腹水及食管靜脈曲張破裂出血為首發表現。肝活組織檢查有特征性病理改變，在除外肝外梗阻性黃疸和繼發性膽汁性肝硬化時可診斷為此病。
原發性肝內硬化綜合征的預防很關鍵，應做到定期體檢，一般每年都要體檢，做一次肝功、B超，可以做到早期發現早期治療原發性肝內硬化綜合征具體的預防措施還有有以下方麵：
1、血氨偏高或肝功能極差者，應限製蛋白質攝入，以免發生肝昏迷出現腹水者應進低鹽或無鹽飲食
2、飲食方麵應提供足夠的營養，食物要多樣化，供給含氨基酸的高價蛋白質、多種維生素、低脂肪、少渣飲食，要防止粗糙多纖維食物損傷食道靜脈，引起大出血
3、注意出血、紫癜、發熱、精神神經症狀的改變，並及時和醫生取得聯係
4、每日測量腹圍和測定尿量，腹部肥胖是自己鑒別脂肪肝的一種方法
化驗檢查時血清膽紅素升高，以直接膽紅素升高為主，堿性磷酶、膽固醇、IgM均升高，抗線粒體抗體、平滑肌抗體和抗核抗體陽性、白蛋白減低、γ-球蛋白升高。如果診斷有困難且高度懷疑本病時，可以進行肝穿刺病理學活檢，有特征性病理改變，在除外肝外梗阻性黃疸和繼發性膽汁性肝硬化時可診斷為本病。
原發性肝內硬化綜合征患者宜吃含有葉酸豐富、性味平和、容易消化的食物，限量給予含優質蛋白質的食物，忌吃含有酒精、油炸性的不宜消化的食物。原發性肝內硬化綜合征患者的具體飲食宜忌有以下方麵：
1、以米麵為主食
滿足每天糖量400g左右，旨在保護和促進肝細胞的再生。但由於肝硬化病人肝功能受損，過分用糖保肝，容易導致體胖、高血脂、動脈硬化和糖尿病，所以除主食外增加用糖量或吃甜食時要慎重。
2、蛋白質食物要少而精
每天膳食中有60g高效蛋白質即可滿足需要。可交替食用魚、瘦肉、雞蛋、乳類、豆製品等較理想的優質蛋白質。出於肝硬化時肝髒處理蛋白質的功能降低，所以晚期肝硬化病人飲食中的蛋白質含量要根據病情來調控。當有肝性腦病傾向時，每天不宜超過20g。
3、多吃鮮菜鮮果
新鮮蔬菜和水果含豐富維生素及礦物質、微量元素，是最好的食品，每天食用量約700—900g。
4、限製油脂攝入
限製油脂攝入，每天不超過20g，油脂在體內要靠肝髒分泌膽汁來分解和利用。如肝功能減弱的肝細胞來不及分解處理攝人體內的油脂。就會引起肝髒脂肪浸潤。特別是動物脂肪更能加重肝髒負擔。
5、限製水和鹽
對有服水或浮腫病人，一定要控製鈉鹽及水的攝人量。但若長期限鹽或食用無鹽醬油，又易導致低血鈉高血鉀症。所以積極的辦法是設法增進病人的食欲和消化能力，經常用少鹽的糖醋小菜佐餐，同時保證蛋白質的吸收利用，以提高血漿中的膠體滲透壓，從根本上消除水腫。
原發性肝內硬化綜合征的西醫治療方法是用腎上腺皮質激素或硫唑嘌呤行免疫抑製治療。皮膚瘙癢可用抗組織胺類藥物或膽酪胺，也可試用氫氧化鋁治療，其他可行對症處理及防治並發症如上消化道出血、肝性腦病及腹水等。治療原則是保肝、維持內環境的紊亂、避免嚴重的肝功異常導致感性腦病危及生命，故注意監測血氨的水平很重要。