自由生活阿米巴感染是因在自然界存在著多種自由生活的阿米巴，其中有些是潛在的致病原，可侵入人體的中樞神經係統、眼部和皮膚，引起嚴重損害甚至死亡，以雙鞭毛阿米巴科的耐格裏屬和棘阿米巴屬多見。
自由生活阿米巴感染患者肉芽腫性改變為其病理特征。棘阿米巴引起的阿米巴性皮膚損害主要是慢性潰瘍，75％的病人有此並發症。由於棘阿米巴包囊耐幹燥，可隨塵埃飄起，通過汙染角膜而致慢性或亞急性角膜炎和潰瘍。患者眼部有異物感、畏光、流淚、視力模糊等症狀，反複發作可致角膜潰瘍甚至角膜穿孔。近年來隨著隱型眼鏡的使用，阿米巴角膜炎的發病率逐漸增多。
自由生活阿米巴感染多數是無症狀的，但可長期隨糞便排出包囊。因組織受侵犯而發生的症狀包括間歇性腹瀉、便秘、胃腸脹氣和痙攣性腹痛。肝區和升結腸區可能有觸痛，大便含有粘液和血。
阿米巴痢疾在熱帶地區常見，但在溫帶地區不常見。其特征為頻繁發作的液狀或半液狀腹瀉，糞中常含有血液、粘液和活的滋養體。腹部體征從輕度觸痛直至伴有高熱和全身中毒症狀的明顯腹痛。觸痛腫大的肝髒常伴有阿米巴結腸炎。複發之間，症狀可減輕到反複發生的腹部痙攣、腹瀉或軟便，但虛弱和貧血仍繼續存在。也可能出現亞急性闌尾炎的症狀，若對這類病人作外科手術可能引致腹膜炎。
慢性感染的症狀與炎症性腸病相似，表現為間歇性非痢疾樣腹瀉伴有腹痛、粘液便、腹部脹氣和體重減輕。慢性感染還可在升結腸和盲腸區出現觸痛的可捫及類似於癌腫的塊狀或環狀病變（阿米巴瘤）。
轉移性阿米巴病起源於結腸，可累及任何器官，但肝右葉的單個肝膿腫最為常見。它可發生在以前無症狀的病人，男性比女性多見，可不知不覺地發展加劇。症狀包括肝區疼痛或不適，可隨活動而加劇，有時可痛及右肩。患者會有間歇熱、出汗、寒戰、惡心、嘔吐、虛弱和體重減輕。黃疸不常見，若有也僅僅是輕度黃疸。膿腫可穿破到膈下間隙、右胸膜腔、右肺和其他附近器官。有時可見滋養體直接感染所致的皮膚病變，好發於肛周和臀部以及外傷或手術的創口。
自由生活阿米巴感染的預防在於加強衛生宣教和公共泳池管理推薦用苯甲烴胺防腐的鹽水和含硫柳汞及EDTA的溶液清洗和保存隱形眼鏡遊泳時不應佩帶隱形鏡其他預防有飲水須煮沸，不吃生菜，防止飲食被汙染防止蒼蠅滋生和滅蠅檢查和治療從事飲食業的排包囊者及慢性患者，治療期間應調換工作，平時注意飯前便後洗手等個人衛生
自由生活阿米巴感染主要以詢問病史結合病原學檢查為主，通過腦脊液或病變組織塗片可見中性粒細胞數增加，濕片中可見活動的滋養體。也可取腦脊液、眼的排泄物、角膜刮取物或活檢的病變角膜塗布在有大腸杆菌的瓊脂平板上進行培養，一般3-7天可見滋養體或包囊。
血清學診斷可用間接血凝試驗、間接熒光抗體試驗等，但一般無法作出早期診斷。近年來也有人開始應用PCR技術檢測病人分泌物中的阿米巴DNA或用DNA探針進行診斷。
自由生活阿米巴感染患者飲食要注意衛生，此病的食療方有如下幾種。
1、豬血粥
材料：豬血100克，菠菜250克，粳米50克。
製作方法：取豬血放入開水中稍煮片刻，撈出切成小塊，再將新鮮菠菜洗淨放入開水中燙3分鍾，撈出切成小段。將豬血塊、菠菜及粳米放入鍋中，加適量清水煮粥，粥熟後放入適量食鹽、味精、蔥、薑調味即可。
2、紅棗木耳湯
材料：紅棗30枚，黑木耳25克。
製作方法：先將黑木耳揀雜，用冷水泡發，清洗幹淨，撕成小朵狀，放入沙鍋，加水適量，大火煮沸，改用小火燉煮30分鍾。待黑木耳熟爛時，放入紅棗和紅糖，煨煮至沸，紅糖完全溶化即成。
對自由生活阿米巴引起的中樞神經係統感染，用二性黴素B靜脈給藥，可緩解臨床症狀，但死亡率仍在95％以上。酮康唑對原發性阿米巴性腦膜腦炎有時有效，劑量與用法同隱球菌性腦膜炎。四環素、利福平、磺胺嘧啶也有一定效果。一般抗阿米巴藥無效。肉芽腫性阿米巴腦炎可試用雙脒類衍生物如丙烷脒、戊烷脒等。也有報告利福平可以治療病人。戊雙脒合並口服磺胺藥有望治愈病人。
阿米巴性角膜炎需局部清創，1％硝基咪康唑、0．1％乙羧基巴龍黴素眼藥水或丙烷脒局部應用3～4周。其他抗真菌和抗阿米巴的眼藥諸如洗必泰、聚六甲基雙胍、新黴素、多粘菌素B、克黴唑等。藥物治療無效者可考慮角膜成形術或角膜移植。
皮膚阿米巴病患者則應保持皮膚清潔，同時以戊雙脒治療。