流感嗜血杆菌根據不同的生化反應可分為6個生物型：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ。致病者多為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型。根據莢膜多糖抗原性不同，可將有莢膜菌分為a、b、c、d、e和f6個血清型。b型致病力最強，其次為e和f。根據細菌外膜蛋白(OMP)又可分為不同的亞型。有莢膜者致病力大於無莢膜者。
已知莢膜類的乙型流感嗜血杆菌（或是b型流感嗜血杆菌，簡稱HiB）是毒性的主因之一，但感染流感嗜血杆菌的病因卻仍未完全清楚。它們的莢膜能幫助它們抵抗在沒有免疫的寄主體內的吞噬作用及不觸發補體介導的裂解。沒有莢膜的菌株則較少侵略性，但它們能誘發炎症而產生其他病症，如會厭炎。
無莢膜菌多引起繼發性感染，可繼發於流行性感冒、麻疹、百日咳、支氣管炎的患者。感染後可產生抗莢膜特異性抗體而獲得保護性免疫力。
流感嗜血杆菌還可引起其他化膿性感染。
1、闌尾炎
闌尾炎(Appendicitis)是指闌尾由於多種因素而形成的炎性改變。它是一種常見病，其預後取決於是否及時的診斷和治療。
2、膽道感染
膽道感染臨床常見，按發病部位分為膽囊炎和膽管炎。按發病急緩和病程經過分為急性、亞急性和慢性炎症。
3、化膿性關節炎
化膿性細菌引起的關節內感染，稱為化膿性關節炎，兒童較多見，常為敗血症的並發症，也可因手術感染，關節外傷性感染、關節火器傷等所致。
4、骨髓炎
骨髓炎為一種骨的感染和破壞，由需氧或厭氧菌，分枝杆菌及真菌引起。骨髓炎好發於椎骨；糖尿病患者的足部或由於外傷或手術引起的穿透性骨損傷部位，兒童最常見部位為血供良好的長骨；如脛骨或股骨的幹骺端。骨髓炎根據病情發展可為急性和慢性兩類。從急性骨髓炎到慢性炎是一個逐漸發展的變化的過程，不能機械地按時間劃分。
5、附睾炎
附睾炎是男性生殖係統非特異性感染中的常見疾病，多見於中青年。當各種原因導致自身抵抗力降低時，病原菌可以趁機侵入附睾引發炎症。表現為陰囊部位突然性疼痛，附睾腫脹，觸痛明顯，可伴有發熱，附睾硬結等。
6、乳突炎
乳突炎是乳突氣房粘膜及骨質的急性化膿性炎症，多由急性化膿性中耳炎發展而來。
流感嗜血杆菌感染不同部位後引發不同疾病，臨床表現分別如下。
1、肺炎
成年患者多為已有慢性呼吸係統疾患者，表現為支氣管肺炎、節段性肺炎，甚至大葉性肺炎。半數胸膜受累，但發生膿胸者少見。80％為有莢膜的b型菌引起，但亦有部分患者為無莢膜菌引起。預後取決於患者原來的健康狀況，病死率可達30％以上。
2、腦膜炎
嬰幼兒的化膿性腦膜炎60％以上由本菌引起，從50年代到80年代5歲以下小兒發病率上升了6倍，過去成年人發病率低，約為1％～3％，但近年來發病率亦在上升，有報道已達20％。成年人多有原發病灶，如鼻旁竇炎、肺炎、會厭炎等，特別易發生於頭部創傷或有腦脊液漏者，致病菌多為b型菌。臨床表現，腦脊液檢查均與其他化膿性腦膜炎相似，病死率成人為10％～20％。
3、會厭炎
患者多為身體健康而較年輕者，發熱、咽痛，由於局部嚴重腫脹可導致呼吸道堵塞，為本病死亡的主要原因。
流感嗜血杆菌感染的預防主要措施為實施主動免疫的疫苗接種最初用單純b型菌的莢膜聚核糖磷酸鹽(PRP)做疫苗，免疫效果不理想後試用了多種結合疫苗，即PRP與白喉類毒素，或破傷風類毒素，或百日咳、腦膜炎奈瑟菌B群的外膜蛋白等組成結合疫苗，明顯地提高了免疫效果，保護率提高到80％～90％
實驗室檢查最重要的是病原學檢查。盡快進行血尿、膿痰及脊液等標本的細菌培養，同時做膿、痰、腦脊液的塗片細菌檢查，用ELISA檢查血清中的特異性IgM抗體，用反向血凝查細菌的抗原即可診斷。具體檢查項目包括：
一、血象
血白細胞輕症者可在正常範圍，重症者則可增高達10×109/L以上，中性可占80％以上。
二、腦脊液檢查
與其他化膿菌引起者相似，蛋白增多、糖和氯化物減少，白細胞增多達1000×106/L以上，多核細胞占多數。
三、病原學檢查
1、塗片直接檢查
肺炎患者的痰，腦膜炎患者的腦脊液，化膿性感染病灶處膿性分泌物，均可做塗片染色檢查，如發現革蘭陰性短杆菌有助於診斷。
2、細菌培養
腦脊液和尿培養出細菌可為確診依據，咽培養和痰培養則不能除外為帶菌所致，須結合臨床及其他檢查綜合考慮，既往采用的巧克力培養基尚不夠敏感，可用玻片凝集試驗和莢膜膨脹試驗確定細菌的型別。
流感嗜血杆菌患者飲食要清淡又營養。嚴重患者可進食流食半流食。忌辛辣油膩食物：在膳食中不應加入辣椒、胡椒、芥末、川椒等調味品。以下推薦6則對患者有益的食療方：
1、柚子肉5瓣，白菜幹60克，北芪15克，豬瘦肉250克，諸藥共煲湯服食，每日1劑，分兩次服。可益氣養陰，潤肺化痰。
2、百合50克，薏米200克，加水5碗，煎成3碗，分3次服，每日1劑。
3、核桃仁、冰糖各30克，梨150克，共絞碎，加水煮服。每次1匙，每日3次。
4、杏仁10克(去皮尖打碎)，鴨梨1至2個，冰糖適量。先將鴨梨切塊去核，與杏仁同煮，梨熟加入冰糖，代茶飲用。
5、黨參10克，大棗15克(去核)，糯米150克，加適量水共煮粥，用白糖調味服用。
6、杏仁10克，去皮尖，水研濾汁，大米30克，加水共煮粥服用。
流感嗜血杆菌感染的治療原則首先根據患者的不同疾病給予相應的對症處理。例如肺炎患者的祛痰鎮咳，腦膜炎患者的脫水降顱壓及防治腦水腫等。
抗感染既往主要應用氨苄西林和青黴素，近年來耐藥菌株明顯增多而改用敏感性尚高的氯黴素、氟喹諾酮類藥、第三代頭孢菌素、紅黴素(包括羅紅黴素和阿奇黴素)等。劑量和療程依據病情輕重而定，輕症者可口服用藥，重症者則應靜脈給藥。對腦膜炎患者則應選用能透過血-腦屏障，在腦脊液中能達到有效治療濃度的藥物，如氯黴素、頭孢噻肟、頭孢曲鬆等。由於細菌的耐藥情況不斷地變化著，故應依據當地的藥敏情況選用藥物，待患者的細菌藥敏結果出來後予以調整。
由於本菌多感染嬰幼兒和免疫功能低下的成年人，故嚴重感染者均有一定的病死率，如肺炎和腦膜炎的病死率在10％～30％。預後的好壞和患者原來的健康狀況有關。