1.肝纖維化並發症 纖維化的主要並發症多見於於血吸蟲病晚期，有食管下段或胃底靜脈曲張，曲張靜脈破裂可引起上消化道大出血，表現為大量嘔血與黑糞，導致血壓下降與失血性休克。上消化道大量出血後可出現腹水或並發肝性腦病，肝性腦病國內有報告，但不多見。晚期血吸蟲病還可合並其他細菌性感染。
2.闌尾炎 在流行區患者並發闌尾炎的比例較高。在流行區患者被切除闌尾標本中找到血吸蟲卵者可高達31%。湄公血吸蟲病是急性闌尾炎的一大誘因。由於闌尾較易穿破，血吸蟲自闌尾中散出可引發腹膜炎或局限性膿腫。
3.結腸病變 血吸蟲病可引起不完全性腸梗阻，以位於乙狀結腸與直腸為多。此外，腸係膜與大網膜病變可粘連成團，形成腹內痞塊。血吸蟲病患者結腸肉芽腫可並發結腸癌。患者年齡較輕，大多為腺癌，惡性程度較低，轉移較晚。
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