先天性膈疝通常發生在膈肌的後外側部分(Bochdalek疝)，90%位於左側。腸段甚至大部分的腹腔內容物可突入患側胸腔。如左側膈疝很大，則患側的肺發育不良。出生後，新生兒因哭吵吸入氣體使腸管充氣擴張，迫使心髒及縱隔右移壓迫右側正常的肺而導致更為嚴重的急性呼吸窘迫症。嚴重的病例生後即出現呼吸窘迫，舟狀腹，患側胸腔可及腸鳴音。較輕的病例，當腹腔內容物通過膈肌小的缺損逐漸突入胸腔後，在數小時或數天後出現輕度呼吸困難。
一部分肺發育不良合並肺不張，肺血流減少，肺血管阻力增加產生持續性肺高壓，在卵圓孔或動脈導管水平出現右向左分流和嚴重的缺氧。
近來發現先天性膈疝的患兒存在肺發育不良及雙側肺動脈壁異常增厚，嚴重肺血流高阻力導致正常的氧合作用受阻礙。肺血流降低結果導致患兒在呼吸機支持中仍處於缺氧狀態。持續性肺動脈高壓是先天性膈疝的重要死亡原因。
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