深部的囊腫一般較少,易導致骨質增生,需要複雜的手術方案,比如外側開眶。因為囊腫的擴張、壓迫,增生的纖維性組織會包繞囊腫的真正包膜,且囊壁易與其基底的骨膜粘連,很難剝離,長時間增生的囊腫往往對骨壁造成壓迫,形成骨脊、骨增生,其邊緣易有囊壁殘留。
當皮樣囊腫為開放性時,細菌侵入蛛網膜下腔引起化膿性腦膜炎或腦膿腫,其發生率約為3.1%。部分病人可因顱內感染而以突然高熱和腦膜炎起病。隨腫瘤長大不僅可阻塞腦脊液循環,產生顱內壓增高,還可累及重要神經結構致功能紊亂。例如腫瘤位於後顱窩多有步態紊亂、共濟運動失調等小腦症狀。