生殖器皰疹的並發症主要有以下幾種：
1、直腸炎：生殖器或肛門皰疹感染，可以通過逆行性感染進入腸道組織，導致直腸內膜發炎，尤其常發生於男性與男性性行為中。
2、中樞神經係統並發症：包括皰疹性腦膜炎、自主神經功能障礙、橫斷性脊髓炎和骶神經根病。皰疹性腦膜炎表現為發熱、頭痛、嘔吐、怕光。症狀通常出現在生殖器皮損發生後3~12日，經過2~4日發展後症狀最明顯，此後2~3日症狀逐漸減輕。免疫功能正常的患者皰疹性腦膜炎預後較好，腦炎的症狀和體征少見，神經係統後遺症極少發生。自主神經功能障礙表現為會陰部、腰背部和骶尾部感覺過敏或麻木、尿瀦留和便秘，多數患者的症狀在4~8周內逐漸緩解。橫斷性脊髓炎少數患者可發生，表現為深部腱反射減退，四肢肌力下降。骶神經根病亦較少發生，表現為骶尾部脹痛、不適或麻木感。
3、播散性HSV感染：少數原發性HSV感染者的軀幹和四肢可出現廣泛分布的播散性水皰，播散性皮膚感染常發生在皰疹出現的早期，並常引起皰疹性腦膜炎、肝炎、肺炎或關節炎，少數患者可出現血小板減少症和肌紅蛋白尿。特應性皮炎患者、免疫缺陷者在懷孕期間播散性HSV感染的可能性較大。
4、生殖器外皮損：通常出現在生殖器皮損出現後的第2周，女性患者更易發生，是一種常見並發症，最常見於臀部、腹股溝等處。
