(一)發病原因
醫院獲得性肺炎可由多種致病微生物引起，其中細菌性感染占90%以上。了解病原菌流行病學資料，對於治療初期經驗性選擇抗菌藥物有重要價值。國內(1987～1988)678家醫院病原調查統計資料顯示革蘭陰性杆菌感染占57%，革蘭陽性球菌占29%，厭氧菌4%，真菌7%，非確定3%。上海瑞金醫院肺科呼吸機肺炎者支氣管肺泡灌洗液(BALF)病原菌檢出率為84.2%，革蘭陰性杆菌占66.5%(其中銅綠假單胞菌占20.9%)，革蘭陽性球菌占33.5%，單一菌種感染占63.3%，混合菌感染36.7%。Barlett報道的HAP的微生物學資料見表1。
1.革蘭陰性杆菌 革蘭陰性杆菌為最常見的病原菌(50%～70%)，主要為銅綠假單胞菌，多發生於重症監護室和接受機械通氣治療的患者，以及有免疫功能抑製或慢性阻塞性肺病等基礎疾病者，先期用抗生素及糖皮質激素者。腸杆科如克雷伯白菌屬，腸杆菌，變形杆菌屬，枸櫞酸杆菌屬，沙雷菌屬亦常見。其他非發酵菌，如非銅綠假單胞菌/洋蔥假單胞菌，惡臭假單胞菌，不動杆菌，嗜麥芽黃單胞菌亦見於免疫抑製者發生的醫院獲得性肺炎。
2.金黃色葡萄球菌 為最常見的革蘭陽性球菌感染(15%～30%)，尤多見於昏迷、創傷和合並傷口感染者，尤其近期流感病毒感染，糖尿病和腎衰者。近年來耐甲氧西林金葡菌(MRSA)感染報道日益增多。
3.厭氧菌 由於標本收集和培養技術方麵存在的問題。厭氧菌感染的發病率報道不一，而且可能為確切反應實際發病率。常見菌包括消化球菌屬，消化鏈球菌，梭杆菌屬，擬杆菌屬等。且常見於革蘭陰性杆菌混合感染。
4.軍團菌 可見於病室環境(空氣、供水)及醫療器械汙染，亦見於曾用皮質激素者，曾有地方性局部流行的報道。
5.病毒 多見於兒童患者，以呼吸道合胞病毒為多見。免疫抑製和接受移植治療者常見巨細胞病毒，並偶見單純皰疹病毒。
6.真菌 多見於長期、大量使用免疫抑製劑，糖皮質激素和抗生素治療的患者，例如灼傷患者，骨髓移植或其他髒器移植者。常見致病菌為念珠菌，曲黴菌和毛黴菌，多與細菌感染混合發生。
7.結核分枝杆菌和非結核分枝杆菌 多見於HIV感染和AIDS病患者，亦見於其他免疫抑製患者，其發病率雖然<1%。但仍應重視鑒別診斷，以免在病區內發生傳播。
8.其他 某些社區獲得性肺炎的病原菌，如肺炎鏈球菌，流感嗜血杆菌，偶見於醫院獲得性肺炎患者。曾經胃腸道局部使用抗生素作選擇性消化道脫汙染(SDD)治療者可能發生腸球菌感染。另外如卡氏肺孢子蟲和弓形蟲感染等亦引起重視。
醫院獲得性肺病原學變化值得注意，Miller等指出，自20世紀80年代以來，某些病原菌的發生率有所增高，例如銅綠假單胞菌由12%增至17%，金黃色葡萄球菌由13%增至17%，腸杆菌科由9%增至11%，凝固酶陰性金葡菌由1%增至2%，白色念珠菌由3%增至5%，而且各種細菌對常用抗生素的耐藥性發生率亦迅速增高。此外亦見某些病原菌發病率有所降低，例如大腸杆菌由9%降至6%，克雷伯菌屬由11%降至8%，變形杆菌屬由7%降至3%。病原菌的流行病學調查對宏觀調控抗菌藥物的研究和防治應用策略亦具有重要參考價值。
(二)發病機製
醫院獲得性肺炎的發病率高，可能與兩方麵的因素有關，即全身和呼吸道局部免疫防禦功能受損以及存在多種有利於病原體侵入肺部的環境和途徑，包括吸入、血行播散等。影響醫院獲得性肺炎發病的危險因素包括：老年，慢性肺部疾病或其他基礎疾病，惡性腫瘤，免疫受損，昏迷，吸入，近期呼吸道感染等，以及長期住院,特別久住ICU，人工氣道和機械通氣治療，長期經鼻留置胃管，胸腹部手術，長期抗生素治療，糖皮質激素、細胞毒藥物和免疫抑製劑、H2受體阻滯藥和製酸藥應用等，這些因素相互作用。
口咽部分泌物經呼吸道吸入是醫院獲得性肺炎的重要發病原因，下呼吸道防禦能力取決於鼻咽、氣管-支氣管等呼吸道局部以及全身免疫防禦功能。健康人睡眠時口咽部分泌物常發生微量吸入，但分泌物中含菌數量少，主要為肺炎鏈球菌，流感嗜血杆菌，金葡菌和厭氧菌等，且全身和呼吸道免疫防禦功能完整，因此能將進入的細菌有效清除，下呼吸道保持無菌狀態。但許多住院病員口咽部定植菌大量增加，容易引起吸入，且免疫防禦功能障礙。結果經常有多量細菌吸入，超過全身和局部免疫清除功能，因而發生肺炎。
細菌黏附可能是上呼吸道定植菌大量增殖的重要發生機製。老年、吸煙、營養不良、氣管插管等造成支氣管上皮損傷，局部IgA產生減少，巨噬細胞減少和趨化減弱等原因，中性粒細胞彈性硬蛋白酶的作用清除表麵纖維連結蛋白，促進細胞的黏附和定植尤其以腸道革蘭陰性杆菌(EGNB)定植更為多見。例如銅綠假單胞菌直接接觸口咽部上皮細胞結合部位而黏附並定植。意識障礙以及插管(氣管插管、胃管)患者，吞咽和咳嗽反射減弱更有利於口、咽部等分泌物的吸入。例如接受機械通氣治療者呼吸機肺炎的發生率更高於一般醫院獲得性肺炎。因為鼻插管或氣管插管等呼吸通道繞過了鼻咽部防禦，並因咳嗽反射和黏液纖毛清除功能減弱損害了下呼吸道防禦機製。呼吸道分泌物於下呼吸道，尤其插管氣囊周圍汙染分泌物的瀦留有利於細菌繁殖。如果病室環境和呼吸治療器械消毒不夠嚴格，尤其是氣管切開護理操作未嚴格無菌操作進行，更造成致病菌的植入。
胃腸道定植菌通過逆向定植，可成為口咽部定植菌的重要來源。健康人胃液呈酸性(pH1.0)，胃腔內保持無菌狀態。老年人、營養不良、酗酒者，尤其應用止酸劑和H2受體拮抗劑作為預防應激性潰瘍，使胃腸pH值增高，導致胃內定植菌大量繁殖，並通過胃食管反流至咽部，若患者有咽反射障礙，意識障礙以及使用胃管和氣管插管者更可造成食管/胃內容物大量吸入。此外亦有認為胃腸道內細菌可通過易位而達到肺部。各種病因如炎症、休克、化療使腸壁發生缺血性損傷，黏膜完整性受損，腸道內細菌bypass達到區域淋巴結，進入門靜脈係統而到達肺部。
此外，各種呼吸道治療設備如霧化吸入器，濕化器，氣管導管和吸痰管以及呼吸機呼吸回路管道和纖維支氣管鏡等受汙染，可導致大量細菌直接進入肺部。而長期留置靜脈導管，泌尿道導管及其他導管則可通過血行播散而達到肺部。
