一、發病原因：
在胚胎發育過程中若房間隔的發生、吸收、融合出現異常，左右心房之間殘留未閉的房間孔，即為房間隔缺損。
二、發病機製：
1.病理解剖 心房間隔缺損有各種不同的解剖類型，包括卵圓孔未閉、原發孔未閉、繼發孔未閉、高位缺損、後下部缺損和心房間隔的完全缺失。
在胎兒時期，卵圓孔容許血液自右心房流入左心房;此時來自胎盤的含氧混合血液進入右心房後流入左心房。出生後左心房的壓力高於右心房，因而使此帶有活瓣性質的孔閉塞，不致發生分流。雖在20%～25%成人中，尚留下極細小的裂隙，但卵圓孔未閉一般不致引起兩心房間的分流，僅在右心房壓力增高的情況下，如在肺動脈高壓或右心室高壓時，使之重新開放，可引起右至左分流。除非缺損甚小，房間隔缺損時心髒多增大，以右心室及右心房為主，往往肥厚與擴大並存，左心房與左心室則不擴大。當原發孔未閉而伴有二尖瓣關閉不全時，則左心室亦有增大。
2.病理生理 由於左心房的壓力通常高於右心房。正常左心房壓力為0.53～1.07kPa(4～8mmHg)，右心房壓力為0～0.66kPa(0～5mmHg)，因此心房間隔缺損的分流一般係由左至右，分流量的大小隨缺損的大小及兩側心房的壓力差而不同。但是在大的房間隔缺損，左右心房壓力近乎相等，卻有顯著的左至右分流，此時決定心房水平分流方向和分流量大小的主要因素是左右心室的順應性。心室舒張時，左心房血既流入左心室，也通過缺損進入右心室。由於右心室較左心室壁薄，順應性較左為好，因此更多的左心房血流經缺損進入阻力較低的右心，因而構成了心房水平左至右分流。同樣心室舒張時，右心房血流既可進入右心室，也可通過缺損進入左心。但在實際上，全部右心房血均進入了順應性良好的右心室。
肺循環血流量增加，甚至可達體循環血流量的4倍，右心室的工作量增加。體循環血流量正常或稍減低。肺動脈壓與右心室壓可能正常或增高，肺動脈阻力可能增高。由於肺小動脈阻力增高引起的顯著的肺動脈高壓可出現在晚期的病例。
合並顯著的肺動脈瓣狹窄、三尖瓣閉鎖或下移畸形、顯著的肺動脈高壓等，或右心衰竭時，右心房壓力高於左心房，此時分流轉為右至左而出現發紺。
