一、發病原因：
1..栓子栓塞（50%）：
腸係膜上動脈栓塞的栓子主要來源於心髒，如心肌梗死後的壁栓，亞急性細菌性心內膜炎的瓣膜贅生物，風濕性心髒瓣膜病變處的贅生物和左右心耳附壁血栓的脫落等；亦可來源於大動脈粥樣硬化的附壁血栓或粥樣斑塊的脫落和膿腫或膿毒血症的細菌的栓子等。
2..解剖因素（25%）：
腸係膜動脈栓塞的發生亦與腸係膜上動脈的解剖結構有關，腸係膜上動脈從腹主動脈呈銳角分出，與主動脈走行平行，管腔較粗，與腹主動脈血流的方向一致，脫落的栓子易於進入，在血管狹窄處或分叉處導致血管栓塞，多見於結腸中動脈發出部或其以下的部位。
二、發病機製：
腸係膜血管一旦栓塞，受阻塞的動脈供應區的腸管發生血運障礙，腸管缺血，缺氧使腸管失去光澤，顏色蒼白，腸黏膜不易耐受缺血，若缺血時間超過15min，小腸黏膜絨毛結構就會發生破壞脫落，繼而腸壁血液淤滯，充血，水腫，腸管失去張力，出現發紺水腫，大量血漿滲至腸壁，腸壁呈現出血性壞死，大量血漿滲出至腹腔及腸腔內，循環血容量銳減，腸腔內細菌大量繁殖及由於腸管缺血缺氧後發生壞死的毒性代謝產物不斷被吸收，導致低血容量，中毒性休克，腸壞死時，腸管擴張，蠕動消失，表現血運性腸梗阻。
腸係膜動脈栓塞的部位不同，腸管缺血區域的範圍亦不同，栓塞發生在腸係膜上動脈入口處，可引起Treitz韌帶以下全部小腸和右半結腸的缺血壞死;在結腸中動脈分支以下發生栓塞，引起大部分小腸壞死;發生在腸曲的一個分支動脈而側支循環良好時，則不發生壞死;但邊緣動脈栓塞發生梗死，其所供應區域腸管發生壞死
