一、發病原因
目前已證實，至少有兩種病原微生物參與本病的發病，即沙眼衣原體和解脲支原體。也發現其他一些微生物與本病有關。
本病亦可能由一些非性傳播的病因導致。細菌性尿道炎可以繼發於上泌尿道感染、細菌性前列腺炎、尿道狹窄、包莖及尿道插管等。此外，先天性畸形、化學性刺激、腫瘤和某些過敏因素也可導致尿道炎。全身性疾病如Stevens-Johnson綜合征可能會引起尿道炎。還沒有證據表明手淫、飲用咖啡、酗酒、某些食物、性行為過少或過頻會引起尿道炎。
曆史：人類由沙眼衣原體所致疾病，古人即已發現。首次從生殖道分離到衣原體則是在1959年，Jones、Collier和Smith，他們從一位新生兒眼炎嬰兒之母的子宮頸發現沙眼衣原體。1964年，第1次從與結膜炎有流行病學關係的男子尿道中發現衣原體。
病原學：沙眼衣原體是NGU最常見的病原體，其次是支原體、陰道毛滴蟲、白色念珠菌和單純皰疹病毒等。
據美國CDC報道，NGU患者中，25%～55%的病例由沙眼衣原體(Chlamydia trochomatis，Ct)引起，20%～40%的病例由解脲支原體(Ureaplasma urealyticum，Uu)引起，2%～5%的病例由陰道毛滴蟲引起，單純皰疹病毒偶爾是NGU的病因。尚有少數病例病因目前尚不明了。
1、衣原體
衣原體廣泛寄生於人類、哺乳動物及鳥類，僅少數致病，其中引起人類疾病的有沙眼衣原體(C.trachomatis)、肺炎衣原體(C.pneumoniae)和鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)。
沙眼衣原體含4個生物變型(生物型)(biovar)，可能是不同的微生物。鼠和豬亞型尚未發現感染人類。第3種是引起性病淋巴肉芽腫(lymphogranuloma venereum;LGV)的生物型，即LGV型。第4種生物型(沙眼型)主要引起生殖道感染和沙眼。
沙眼生物變種又可分為A～K 12種血清變型(血清型)(serovars)，A、B、Ba、C 4種血清型引起沙眼，D～K 8種血清型引起泌尿生殖係統感染。
LGV可分為L1、L2、L3 3種血清型，引起性病性淋巴肉芽腫。
衣原體在細胞內生長繁殖，有獨特的發育周期，可觀察到兩種不同的顆粒結構，一種為始體(initial body，繁殖型)，呈圓形或卵圓形;另一種為原體(elementary body，感染型)，呈球型。每個發育周期約需40h。
衣原體對熱敏感，56～60℃僅能存活5～10min，在-70℃可保存數年。0.1%甲醛或0.5%苯酚(石炭酸)可將衣原體在短期內殺死，75%乙醇在半分鍾內即可將衣原體殺死。
2.支原體
支原體(Mycoplasma)廣泛分布於自然界，有80餘種，與人類有關的支原體有肺炎支原體(M.pneumonie，Mp)、人型支原體(M.hominis，Mh)、解脲支原體(Ureaplasma urealyticum，Uu)和生殖支原體(M.genitalium，Mg)，前者引起肺炎，後者引起泌尿生殖係統感染。
支原體是一類能通過細菌濾器，沒有細胞壁及前體，形態呈多形性，屬於軟皮體綱的一種原核微生物，是目前所知能在無生命培養基中生長繁殖的最小微生物。支原體大小為0.2～2.3µm，很少超過1.0µm。支原體由二分裂繁殖，形態多樣，基本呈球形和絲形。支原體可在雞胚絨毛尿囊膜上或細胞培養中生長。用培養基培養，營養要求比細菌高。
生殖支原體是新近被發現的支原體，它是由Tully等於1981年首先從兩例非淋菌性尿道炎患者尿道標本分離出來的。有資料表明，生殖支原體是泌尿道和生殖道感染的病原體之一，具有性傳播性，而且泌尿道和生殖道可能是生殖支原體寄居或感染的原發部位。由於生殖支原體體外分離培養顯示其生長緩慢，需要的營養成分複雜，所以從臨床標本中分離生殖支原體非常困難。目前，生殖支原體的檢測主要通過PCR方法。
支原體對熱抵抗力與細菌相似，但有些支原體抵抗力較差，如45℃，15～30min或55℃，5～15min即被殺死，用苯酚或來蘇兒易將其殺死。支原體在無糖培養基中用石蠟封蓋後，在37℃下可存活1個月，低溫或冷凍幹燥可長期保存。
二、發病機製
沙眼衣原體感染的發病機製仍不明。衣原體感染的疾病過程和臨床表現，可能就是衣原體複製的組織損害和衣原體激起的炎症反應以及宿主細胞破壞的壞死物質等產生的綜合影響。衣原體感染引起大量免疫反應(以循環抗體和細胞介導的反應出現)，有證據表明，衣原體病部分是過敏反應所致，或者就是免疫病理性疾病。所謂致敏抗原，已被鑒定為HSP60類熱激蛋白(heat shock proteins)。
大多數衣原體感染都隻是受累部位數量相對較少的部分細胞受到感染。由於每個包涵體每次都釋出大量活原體，而附近感染的細胞卻相對較少，因此肯定有限製傳染性的控製機製。此機製仍未盡悉，但T細胞功能似甚重要。已發現淋巴因子對衣原體有抑製作用。沙眼衣原體對α、β、γ幹擾素都敏感，
γ幹擾素似更重要。γ幹擾素似能延長發育周期，使網體存在較長時間。此舉可能引起持續性隱性感染，並可在免疫病理中起到作用。
γ幹擾素的明顯作用，可能是對感染的控製而非對新感染的保護。因此可能與感染的清除有關。中和抗體也有可能起到作用，但中和抗體的作用機製亦待澄清。抗體能中和細胞培養中衣原體傳染性。抗體能抑製衣原體對非專業吞噬細胞表麵的附著，或使之不能抑製吞噬溶酶體融合，或防止原體和網體通過交聯表麵蛋白而發生的形態學轉變。
支原體不侵入組織和血液，隻能黏附在呼吸道和泌尿生殖道的上皮細胞表麵的受體上。支原體黏附後，可進一步引起細胞損傷，表現為：
1、黏附於宿主細胞表麵從細胞吸收養料，
從細胞膜獲得脂質和膽固醇，引起細胞損傷。
2.支原體放出有毒代謝產物，
如溶神經支原體能產生神經毒素，引起細胞膜損傷;解脲支原體有尿素酶，可以水解尿素產生大量氨，對細胞有毒害作用。此外，支原體還可黏附於紅細胞、巨噬細胞和精子表麵。解脲支原體黏附於精子表麵後，可阻礙精子運動，其產生的神經氨酸酶樣物質可幹擾精子與卵子的結合，引起不育與不孕。
(1)衣原體在泌尿生殖道疾病中的作用：
35%～50%NGU都是沙眼衣原體引起的。沙眼衣原體性尿道感染無症狀者比淋菌性尿道感染更為常見，如有症狀，亦常較輕。
性事活躍的青年男子中急性附睾炎，70%以上皆為衣原體感染。而35歲以上附睾炎的病人一般皆為革蘭陰性細菌感染，並有泌尿係疾病或器械操作史。
沙眼衣原體在非細菌性前列腺炎中的作用如何，仍有爭議。總的說來，還不能對沙眼衣原體在非細菌性前列腺炎中的作用得出肯定結論。進一步研究需有嚴密的病例定義(包括前列腺壓出液中細胞數)，采用常規組織學檢查、活檢組織的免疫組織化學檢查、血清學檢查、敏感的分子檢查技術(如PCR或原位DNA雜交法檢查前列腺中衣原體)以及對治療的評估等。
Reiter綜合征(尿道炎、結膜炎、關節炎和典型皮膚黏膜損害)以及反應性腱鞘炎或關節炎而無其他Reiter綜合征表現，皆已發現與沙眼衣原體生殖器感染有關。以微量免疫熒光(micro-IF)抗體測定法檢查未經治療的典型Reiter綜合征男子，發現80%以上先有或同時感染沙眼衣原體。Reiter綜合征在HLA-B27單倍型病人中亦發現較多。Ⅰ類HLA-B27單倍型似可使Reiter綜合征的發生率增長10倍。此綜合征患者中，60%～70%皆為HLA-B27陽性。
沙眼衣原體可致子宮頸炎和子宮內膜炎。像淋球菌一樣，沙眼衣原體亦可引起前庭大腺導管感染。
急性輸卵管炎中由沙眼衣原體所致比率，因地區和研究群體而異。西雅圖對經腹腔鏡檢查證實的輸卵管炎和經組織學檢查證實的子宮內膜炎婦女所作研究表明：80%～90%皆有衣原體或淋球菌感染，衣原體與淋球菌感染各自所占比率幾乎相等。很多衣原體輸卵管炎病人盡管病情繼續進展至輸卵管瘢痕化，導致不育，但都無任何症狀或甚輕微。因此被稱為衣原體所致“靜寂型輸卵管炎”(silent salpingitis)。
自Fitz-Hugh和Curtis首先報道肝周炎(Fitz-Hugh-Curtis綜合征)以來，與輸卵管炎同時或在其後發生的肝周炎就被認為是淋球菌感染的一項合並症。但是近15年來的研究卻提示：實際上衣原體感染與肝周炎的關係，可能比淋球菌更為密切。性事活躍的青年婦女，如發生有上腹痛、發熱、惡心嘔吐，就應想到肝周炎的可能。
(2)支原體在泌尿生殖道疾病中的作用：
支原體在非淋菌性尿道炎中的作用仍然有爭論。根據培養分離的研究結果，並不表明人型支原體可能引起非淋菌性尿道炎。對各種抗菌藥物的臨床反應也不支持這種支原體和非淋菌性尿道炎的關係。
至於脲原體，目前的資料支持脲原體在少數病例中可引起非淋菌性尿道炎，雖然還不清楚究竟有多少比例的病人可檢測到確實由脲原體所致。從非淋菌性尿道炎男性患者的尿道中檢出脲原體，並不一定意味著這是他所患疾病的原因。
生殖支原體和脲原體相比，這種支原體顯示與急性非淋菌性尿道炎有更強的關聯。在持續性或急性發作後疾病複發的男性患者，12%～20%可在尿道中檢測到生殖支原體。
研究表明，生殖器的支原體在真性慢性前列腺炎中的作用是極小的。與附睾炎的關係尚未確定。在Reiter病中的作用還不清楚。
已有某些證據表明，人型支原體可能是女性盆腔炎性疾病的病因，但沒有證據顯示脲原體具有類似的作用。
據報道，脲原體可減低精子的運動力和減少精子的數量，並和精子的異常外觀有關。清除脲原體可以改善精子的運動力、數量和外觀。雖然脲原體可能和精子運動力的改變有關，但是沒有令人信服的證據表明脲原體是不孕症的重要原因。
支原體和HIV感染及AIDS的關係：在20世紀80年代後期，美國的一些研究者在AIDS病人的器官和組織中培養出一種支原體，稱為未識支原體(Mycoplasma incognitus)，隨後被鑒定為發酵支原體。在此之前，已從泌尿生殖道少量分離到發酵支原體，但更經常是作為汙染物從細胞培養中分離到，其致病性尚不明。研究發現，支原體在細胞培養中能增強HIV的複製，可引起細胞死亡。
