一、發病原因：
病因至今尚未完全明了。
1、飲食改變和輔食刺激：
嬰幼兒期為腸蠕動節律處於較大變化時期，易發生腸蠕動紊亂，且外界引起腸套疊的因素較多，如增添輔食或食物性質、環境、氣溫的改變，腸管本身疾病如腸炎等誘發腸蠕動紊亂而引起腸套疊。
2、局部解剖因素：
嬰幼兒回盲部較遊動，回盲瓣呈唇樣凸入盲腸，當回腸蠕動發生異常時，即可牽拉腸壁形成套疊。
3、病毒感染或其他原因：
引起回盲部集合淋巴結腫大因素：小兒腺病毒或輪狀病毒感染後，可引起末端回腸集合淋巴結增生，局部腸壁增厚，甚至形成腫物向腸腔突起構成套疊起點，加之腸道受病毒感染或其他原因刺激，蠕動增強，導致發病。
4、免疫反應不平衡因素：
原發性腸套疊多發生於1歲以內，是機體免疫功能不完善時期，腸壁局部免疫功能易破壞，蠕動紊亂而誘發腸套疊。繼發性腸套疊多因腸壁或腸腔內器質性病變，如腸息肉、腫瘤、腸壁血腫、梅克爾憩室、腸囊腫翻入腸腔，牽帶腸壁作為起點而引起腸套疊，發病率約占2%～5%。
二、發病機製：
腸套疊分為原發性和繼發性兩種。
1、原發性腸套疊：
90%的腸套疊屬於原發性，套入腸段及周圍組織無顯著器質性病變。腸套疊可有一個起始點，隨著腸蠕動，其近端的腸管套入遠端的腸腔中。幾乎每個病人術中均可發現位於套入腸段頭部的腸壁淋巴結腫大。
腸套疊一般好發於上呼吸道感染或胃腸炎後，50%以上與腺病毒和輪狀病毒感染有關，這也解釋了Peyer集合淋巴結腫大的原因，而腫大的Peyer集合淋巴結凸入腸腔可能正是激發腸套疊的誘因。
2、繼發性腸套疊：
腸套疊起始點有明確病理異常的占2%～12%，包括：美克爾憩室、闌尾、息肉、腫瘤、過敏性紫癜導致的黏膜下出血、非霍奇金淋巴瘤、異物、異位胰腺或胃黏液、腸重複畸形等，其中美克爾憩室最為常見。患兒發病年齡越大，存在繼發性腸套疊的可能越大。
腸套疊一般是近端腸管套入遠端腸管，若遠端套入近端(稱逆行性腸套疊)較罕見。絕大多數是單發性腸套疊，偶見多發性腸套疊同時發生者。
腸套疊的外管部分稱為鞘部，進到裏麵的部分稱為套入部，共3層腸壁。有時整個腸套疊部分再套入遠端腸管內則成為複套共5層腸壁。
