一、發病原因
慢性進行性眼外肌麻痹是以進行性上瞼下垂與眼球運動受限為特征，其病變部位可能在肌肉、神經-肌肉結合處、末梢神經及腦神經核。其原因有外傷、毒素、退行性變、傳染因子、遺傳性疾患及腫物等。
二、發病機製
關於本病的發病機製有4種學說：
1.肌營養不良學說 Fuchs首先提出本病是肌營養不良的一種，此後，Silex、Sandier、SamualGartner與Edwin Billet、Kiloh及Nevin均報道了本病的眼外肌病理組織所見，發現眼肌纖維腫脹並有脂肪性退行性變，橫紋消失，纖維組織增生，它與神經源性肌肉萎縮不同，後者肌肉纖維雖有皺縮，但仍保持其原有性質，橫紋不消失，因此肌源性學說近20餘年來已為更多的學者所承認。
2.神經核變性學說 Mobius和Saenger報道23例，認為本病係支配眼球運動的神經核變性所致，屬於核性麻痹(nuclear palsy)。Langden與CadwMader最早獲得屍體解剖病例，發現動眼、滑車、外展3種神經核的神經細胞數均有減少以及細胞大小不等。Ledlowski也病理檢查1例，發現動眼、滑車、展神經核的細胞數減少，細胞外形皺縮，有的細胞核移向四周，尼氏小體粉碎，Perlia核和Edjnger-Westphal核正常，中腦內外的神經纖維亦正常。因此主張為神經源性疾患，以後一直受神經源性學說支配。
3.神經-肌肉變性學說 最近發現本病可合並小腦、腦神經症狀。進行性眼外肌麻痹可繼發於腦神經核的變性，以後出現眼外肌纖維的萎縮變性，因此臨床上又有眼肌麻痹附加病(ophthalmoplegia plus)，Kearns-sayre綜合征及“眼頭顱軀體神經肌肉病伴有參差不齊紅色纖維”的命名或分類。
4.代謝缺陷學說 目前認為本病是由於肌細胞能量代謝的先天性缺陷所引起，但對發生代謝障礙的具體環節尚未確定。最近通過電子顯微鏡觀察發現，病變肌纖維內有過量鈣的堆積，認為鈣代謝異常是發病過程的關鍵環節。在病程早期，病變肌細胞尚未出現明確的形態學改變之前，肌細胞膜的通透性即有缺陷，導致肌酶細胞外溢，一定時間後，肌細胞即破壞，肌纖維粗細顯著不等，病變纖維不規則地散布於正常肌纖維之間，橫紋消失，有空泡形成、玻璃樣變性和結締組織增生，導致肌肉彈性及收縮力降低，引起眼球運動障礙。
