EV 71屬於小RNA 病毒科，為腸道病毒屬成員。病毒基因由約7408個核苷酸組成，為單股正鏈RNA[3]。兩端為保守的非編碼區，即5′-非編碼區(UTRs)和3′-非編碼區，中間為僅有的一個開放閱讀框(ORF)。ORF 編碼含2 193 個氨基酸的多聚蛋白，該蛋白進一步被水解成P1、P2、P3三個前體蛋白。P1前體蛋白最終形成1A(VP4)、1B(VP2)、1C(VP3)、1D(VP1)4 個病毒衣殼蛋白，為結構蛋白;P2和P3前體蛋白分別產生2A (特異性蛋白酶)、2B、2C 和3A、VPg (5′末端結合蛋白)、3C(特異性蛋白酶)、3D(RNA 多聚酶組分)，這些蛋白均屬於非結構蛋白。
EV71感染性疾病是一種兒童傳染病，傳染性強。病毒是RNA病毒，其特點是耐熱、耐酸且體型小。此病毒不僅對人有致病力，對乳鼠有也有致病力。對人的話，能引起肌炎，而且此肌炎跟柯薩奇A組病毒引起的肌炎類似;對恒河猴中，能夠產生一種類似於脊髓灰質炎的疾病。在猴子中的神經毒力似與該病毒在高溫中的複製能力有關，但寡核苷酸電泳和凝膠電泳分離病毒蛋白後卻未能區分無神經毒力株。
此病毒的傳染性強，且一般是通過患兒接觸過的毛巾、手絹、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、內衣等引起傳播;患兒咽喉分泌物及唾液中的病毒可通過飛沫傳播;門診交叉感染和口腔器械消毒不嚴可造成感染;被病毒汙染的水源、食物等亦可造成傳播。
