尿路結石形成急性尿路梗阻時，臨床表現較為典型，其診斷並不困難。原發性尿路結石往往與某些疾病容易混淆。須與之鑒別的疾病有：
1.尿道狹窄尿道狹窄 主要症狀為排尿困難、尿流變細無力、中斷或滴瀝，並發感染時亦可有尿頻、尿急、尿痛及尿道分泌物。某些外傷性尿道狹窄亦可能捫及尿道硬結。
尿道狹窄往往無腎絞痛史及尿砂石史，而有其原發病因，如損傷、炎症或先天性、醫源性等原因;其排尿困難非突發性;尿道探通術可於狹窄部位受阻;X線平片無結石陰影，尿道造影可顯示狹窄段。
2.非特異性尿道炎 非特異性尿道炎時，可有尿痛、尿頻、尿急及尿道分泌物，慢性非特異性尿道炎可並發尿道狹窄而出現排尿困難。
非特異性尿道炎無腎絞痛或尿砂石史，無急性排尿困難，尿道捫診不能觸及硬結，X線檢查無結石陰影。
3.尿道損傷 尿道損傷可有尿道外口出血、尿道內疼痛及排尿困難，尿瀦留，並發感染時可有尿道分泌物。
尿道損傷一般有明確損傷史，常伴尿外滲、局部皮膚腫脹、皮下瘀血，試插導尿管不易插入膀胱，並可由導尿管引出數滴鮮血，X線平片可見骨盆骨折等征象，無結石陰影。
4.尿道痙攣 由於尿道括約肌痙攣，可有尿道疼痛和排尿困難等症狀，往往由精神緊張、局部刺激等因素引起。
尿道痙攣無尿砂石史及尿頻尿急等症狀，不能捫及尿道硬結，尿道探通術可正常通過，X線檢查無異常，用鎮靜劑後症狀可緩解。
5.尿道異物 尿道內異物引起尿道梗阻時，可出現排尿困難，甚至尿瀦留。異物刺激或繼發感染時，可有尿頻、尿急、尿痛及血尿。
但有其病因可尋.X線檢查可見尿道內充盈缺損，尿道鏡檢查可見異物。
