1.其他細菌性肺炎 本病與肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、金葡菌、A群鏈球菌等所致肺炎臨床鑒別不易，通常均須通過痰液的病原學檢查方能確診。
(1)肺炎杆菌肺炎：痰量多，典型者呈棕紅色膠凍狀，X線早期呈大片絮狀、濃淡不同陰影，雙側多見，變化迅速，病灶呈蜂窩狀，有空洞或肺大泡形成，易有氣胸或膿胸是其特色。
(2)肺結核：起病徐緩，中毒症狀輕微，痰白色黏性或少量膿性，病變部位以上肺野居多，中葉次之，下葉少見。
(3)支氣管肺炎：如鸚鵡病。
(4)立克次體肺炎(如Q熱)：均無寒戰、血痰、劇烈胸痛及顯著的白細胞增多，胸部體征多不明顯。
(5)土拉菌肺炎。
(6)嗜肺軍團菌肺炎：比較少見，在流行區應注意鑒別，以免誤診。
2.肺梗死 常繼發於心瓣膜病或靜脈血栓形成患者。本病亦有呼吸困難、胸膜性疼痛、咯血、發熱或肺實變征及X線所見，均類似急性肺部感染，但肺梗死的最初症狀是驟起的劇烈疼痛，罕見寒戰，一般無呼吸道前驅症狀及唇皰疹;發熱不高，整口咯血常見，肺部體征出現甚早，白細胞計數達20×109/L者罕見。聯合通氣.灌注放射性核素掃描檢查，肺炎及肺梗死均顯示相似的缺損，肺梗死則有灌注缺損而無相應的通氣缺損。血液DNA測定，似有助於診斷肺栓塞。如肺梗死發生感染，則與原發性細菌性肺炎更難區別。NBT試驗可能有助於鑒別。由於肺炎應予抗菌治療而肺梗死則須抗凝治療，故必須正確加以區別。
3.肺不張 由支氣管阻塞引起，不僅許多體征類似肺炎，而且阻塞持續亦可導致嚴重感染。外科麻醉後吸入大量黏液為肺不張的主要原因，可有呼吸困難、咳嗽、胸痛、一側胸廓運動減弱、濁音、呼吸音減低，均類似原發性肺炎，且有發熱及白細胞增多，亦似有感染存在。因肺不張可能由強力咳嗽、體位引流或支氣管鏡檢等法消除，故應與原發性肺炎區別。有時由於縱隔明顯移位(向病側)而有利於鑒別。腫瘤壓迫及主動脈瘤偶可長期壓迫支氣管而導致慢性肺不張，亦應慎重區別。
4.膈下感染 易與肺炎混淆。膈下膿腫、肝膿腫及上腹部其他感染，均可能累及橫膈，引起局部炎症、胸腔小量積液、胸痛及肺不張;同時，肺炎有時亦可類似腹內疾病，胸膜炎可發生腹部牽涉性痛，疑似急性闌尾炎或膽囊炎。
5.其他疾病 肺炎鏈球菌性肺炎已經確定，但也應考慮肺內潛在另一種疾患的可能性，慢性阻塞性肺部疾患和肺膿腫可能導致細菌性肺炎反複發作，而其本身的症狀直到肺炎消散才顯露出來。支氣管癌或其他任何病變，部分地阻塞支氣管，常可導致同一肺段肺炎反複發作。
