對本病進行病因鑒別，應詳細、全麵地詢問病史。如曾到過蠕蟲感染流行區旅遊則應考慮血吸蟲等寄生蟲感染;表現為喘氣、鼻炎或濕疹則提示變異性疾病;經常接觸寵物狗，則要排除犬弓蛔蟲感染;注意有無腫瘤的症狀，體征;注意用藥史，以排除藥物的過敏反應。由藥物引起的嗜酸粒細胞增多，一般會隨著停藥而降低，但在某些病例，如由於攝入汙染的色氨酸引起的嗜酸粒細胞-肌痛綜合征，盡管停止了用藥，疾病還會持續存在。異常的嗜酸粒細胞形態學，骨髓或外周血未成熟細胞的增加，或核型的異常都提示嗜酸粒細胞白血病。嗜酸粒細胞的聚集、浸潤限定於特定的器官，是特殊疾病的特性，如嗜酸粒細胞蜂窩織炎(Well綜合征)，嗜酸粒細胞肺炎，以及嗜酸粒細胞筋膜炎。嗜酸粒細胞增多同時合並脈管炎、神經係統疾病和哮喘病史，提示Churg-Strauss綜合征。在中度到重度嗜酸粒細胞增高的患者，如果找不到明確的病因，同時又有髒器的損害，則應考慮高嗜酸細胞結合症(HES)。
對嗜酸粒細胞計數中度到重度增多，以及持續輕度增多的患者應進行血塗片的形態學檢查、尿液分析和一係列的大便蟲卵和寄生蟲檢查。對於糞類圓線蟲等寄生蟲的診斷有時需血清學試驗。骨髓、染色體分析和組織活檢可根據病情做出選擇。
