急性期應與傷寒、鉤端螺旋體病、布氏杆菌病、Q熱及病毒性感染等發熱疾病相鑒別。一旦肺部出現病變及呼吸道症狀時,應與細菌性肺炎鑒別。細菌性肺炎主要有感染性和理化性如放射線、毒氣、藥物以及變態反應性如過敏性肺炎等,臨床所見絕大多數為細菌、病毒、衣原體、支原體、立克次體、真菌和寄生蟲等引起的感染性肺炎,其中以細菌最為常見。
若病情較輕而又咳嗽不止時應與衣原體肺炎(衣原體肺炎的病原為肺炎衣原體(chlamydia pneumoniae),是新發現的一種衣原體,主要引起呼吸道和肺部感染,聲音嘶啞、幹咳、有時發熱、咽痛等咽炎)鑒別。劇烈頭痛應與腦膜炎(此病通常伴有細菌或病毒感染身體任何一部分的並發症,比如耳部、竇或上呼吸道感染。)鑒別。