鸚鵡熱潛伏期為1～2周。臨床症狀可以是輕度的或一過性的流感樣症狀，也可以是急性發病，伴有高熱，劇烈的頭痛和肺炎。鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床表現類似肺炎衣原體肺炎，開始有發熱、寒戰、頭痛、出汗和許多其他常見的全身和呼吸道症狀，如不適、關節痛、肌痛、咯血和咽炎。
肺部很少有陽性體征，偶可聞及細濕囉音和胸膜摩擦音，雙肺廣泛受累者可有呼吸困難和發紺。軀幹部皮膚可見一過性玫瑰疹(Horder斑)。嚴重的肺炎可發展為譫妄，低氧血症甚至死亡。鸚鵡熱累及心髒時，心電圖呈心肌炎改變。另外，鸚鵡熱臨床表現還可有貧血、反應性肝炎、肝脾腫大、蛋白尿等。鸚鵡熱肺部X線主要表現不同程度的肺部浸潤，如彌漫性支氣管肺炎或間質性肺炎，但無特異性。肺內病變吸收緩慢。
鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床症狀及X線表現均無特異性，不能與肺炎衣原體肺炎相鑒別。懷疑有鸚鵡熱的病人必須有暴露於鸚鵡等鳥類的病史，如有養寵鳥的曆史，或有養寵鳥的朋友或鄰居，或去過另一個地區養鳥的家庭，以及有鳥類或禽類職業接觸史。確診有賴於實驗室診斷。
1.最可靠的方法是進行鸚鵡熱衣原體的培養，取鼻咽部或咽後壁拭子、氣管和支氣管吸出物、肺泡灌洗液等標本培養，分離物可用鸚鵡熱衣原體種特異性單克隆抗體進行鑒定。
2.應用PCR試驗對上述標本進行檢測對診斷有很大幫助，但需要注意質量控製，防止出現假陽性結果。
3.微量免疫熒光試驗(MIF)是目前國際上標準的且是最常用的衣原體血清學診斷方法，但在鸚鵡熱衣原體做診斷時應謹慎，除病人具有病鳥接觸史以外，血清標本應同時檢測沙眼衣原體、肺炎衣原體和鸚鵡熱衣原體抗體並比較抗體滴度，以滴度最高作為感染的衣原體種，從而確定是否是鸚鵡熱衣原體，因為三個衣原體種之間可能存在血清學交叉反應，鸚鵡熱衣原體肺炎的臨床症狀類似於肺炎衣原體肺炎，但前者的發病率遠遠低於後者。血清學診斷標準為：MIF試驗IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，在排除類風濕因子(RF)所致的假陽性後可診斷為近期感染，雙份血清抗體滴度4倍或以上升高也診斷為近期感染。
