臨床上已知與生活或工作環境中真菌或放線菌有關的肺與支氣管的變態反應性疾病主要有以下幾種相鑒別：
1.空調器性變應性肺炎(air conditioner allergic penumonia) 由於長期吸入生活環境中空調器上大量生長的嗜熱性放線菌所引起。
2.濕化器性變應性肺炎(humidifier allergic pneumonitis) 由於吸入來自家庭、辦公室或車間內所用的濕化器上繁殖的大量真菌孢子引起，有時一些非真菌性的喜濕菌如枯草杆菌等也可致病。
3.農民肺 由於大量吸入發黴的農作物、幹草、糧食或飼料上各種真菌孢子而發病。致病的菌種為幹草小多孢菌(micropolyspora faeni)。
4.蘑菇肺 由於在人工栽培中吸入大量成熟的蘑菇散發出的擔孢子(basidiospore)或吸入栽培蘑菇用的肥料中嗜熱性放線菌所引起。
5.蔗屑沉積肺 發病於榨糖廠工作人員，由於吸入發酵的甘蔗內嗜熱性放線菌或幹草小多孢菌所引起。
6.發酵工人肺(或稱啤酒工人肺) 主要發生於釀造工人，多數是在釀造車間中吸入棒曲黴(aspergillus clavatus)孢子而發病。
7.製酪工人肺 見於製酪廠工人，由於工作中吸入乳酪青黴(Penicillium caseii)而引起。
8.洗滌劑肺 由於在洗滌劑生產過程中為加強洗淨度，需要加一種潔淨酶，多為枯草杆菌酶(bacillus subtilis enzymo)，是由枯草杆菌所產生。洗滌劑生產者在工作中吸入枯草杆菌酶或枯草杆菌，日久可引起洗滌劑肺。
9.磨房肺 發生於各種食物加工中的磨房工人，由於工作中吸入一種名為食穀菌 (sitophilus granarius)的真菌引起。
10.伐木工肺 多見於伐木工人，由於吸入樹皮腐敗時散發的交鏈孢黴、樹皮酵母菌(cryptostroma corticale)等真菌而引起的。
11.紅杉鋸末病 發生於鋸木工人，吸入發黴鋸屑中生長的茁黴屬(pullularia)孢子引起。
12.軟木塵肺 發生在軟木製作工人中，由於長期吸入發黴軟木塵屑中的真菌孢子所引起。其中吸入的真菌孢子以常現青黴(penicillium frequentans)最主要。
13.其他 紙漿工肺、茶工肺、飼鴿者肺等的發病也可能與真菌有關。
