1.化膿性腦膜炎：其中最易混淆者為嗜血流感杆菌腦膜炎，因其多見於2歲以下小兒，腦脊液細胞數有時不甚高。其次為腦膜炎雙球菌腦膜炎及肺炎雙球菌腦膜炎。鑒別除結核接觸史、結素反應及肺部X線檢查可助診斷外，重要的還是腦脊淮檢查，在細胞數高於外，重要的還是腦脊液檢查，在細胞數高於1000×106/L(1000/mm2)，且分類中以中性多形核粒細胞占多數時，自應考慮化膿性腦膜炎;但更重要的是細胞學檢查。
2.病毒性中樞神經係統感染：主要是病毒性腦炎，病毒性腦膜腦炎及病毒性脊髓炎均可與結腦混淆，其中散發的病毒腦炎比流行性者更需加以鑒別。各種病毒性腦膜炎之診斷要點為：①常有特定之流行季節。②各有其特殊的全身表現，如腸道病毒可伴腹瀉、皮疹或心肌炎③腦脊液改變除細胞數及分類與結腦不易鑒別外，生化改變則不相同，病毒性腦膜腦炎腦脊液糖及氯化物正常或稍高，蛋白增高不明顯，多低於1g/L(100mg/dl)。④各種病毒性腦炎或腦膜炎有其特異的實驗室診斷 方法，如血清學檢查及病毒分離等(參閱各有關專章節)。輕型病毒腦炎和早期結腦鑒別比較困難，處理原則是：①先用抗結核藥物治療，同時進行各項檢查，如結素試驗、肺X線片等以協助診斷。②不用激素治療，如短期內腦脊液恢複正常則多為病毒腦炎而非結腦。③鞘內不注射任何藥物，以免引起腦脊液成分改變增加鑒別診斷之困難。
3.新型隱球菌腦膜腦炎：其臨床表現、慢性病程及腦脊液改變可酷似結腦，但病程更長，可伴自發緩解。慢性進行性顱壓高症狀比較突出，與腦膜炎其他表現不平等。本病在小鍺較少見故易誤診為結腦。確診靠腦脊液塗片，用墨汁染色黑地映光法可見圓形、具有厚莢膜折光之隱球菌孢子，沙保培養基上有新型隱球菌生長。
4.腦膿腫：腦膿腫患兒多有中耳炎或頭部外傷史，有時繼發於膿毒敗血症。常伴先天性心髒病。腦膿腫患兒除腦膜炎及顱壓高症狀外，往往有局灶性腦征。腦脊液改變在未繼發化膿性腦膜炎時，細胞數可從正常到數百，多數為淋巴細胞，糖及氯化物多正常，蛋白正常或增高。鑒別診斷借助於超聲波、腦電圖、腦CT及腦血管造影等檢查。
5.但腦瘤與結腦不同處為： ①較少發熱。②抽搐較少見，即使有抽搐也多是抽後神誌清楚，與晚期結腦患兒在抽搐後即陷入昏迷不同。③昏迷較少見。④顱壓高症狀與腦征不相平行。⑤腦脊液改變甚少或輕微。⑥結素試驗陰性，肺部正常。為確診腦瘤應及時作腦CT掃描以協助診斷。
6.典型的結腦診斷比較容易，但有些不典型的，則診斷較難。不典型結腦約有以下幾種情況：①嬰幼兒起病急，進展較快，有時可以驚厥為第1症狀。②早期出現腦實質損害症狀，表現為舞蹈症或精神障礙。③早期出現腦血管損害，表現為肢體癱瘓者。④同時合並腦結核瘤時，可似顱內腫瘤表現。⑤其他部位的結核病變極端嚴重，可將腦膜炎症狀及體征掩蓋而不易識別。⑥在抗結核治療過程中發生腦膜炎時，常表現為頓挫型。對於以上各種不典型垢情況，診斷需特別謹慎，防止誤診。
