絕大多數輸尿管結石診斷容易,臨床上的誤診往往與檢查不正確、不及時或經驗不足因素等有關。急腹症患者如膽囊炎、膽石症、急性闌尾炎、潰瘍病、胰腺炎、腸梗阻、卵巢囊腫蒂扭轉、宮外孕等所引起的疼痛易與輸尿管結石發作時的疼痛相混淆,但膽道疾病疼痛多在上腹部並向背部放射,而輸尿管結石疼痛則在脊肋角、向輸尿管徑路放射。膽道疾病發作時右上腹壓痛、肌緊張、反跳痛、墨菲征(Murphys sign)、白細胞略升高。急性闌尾炎疼痛和體格檢查陽性征局限於右下腹,並可伴有寒戰、發熱、腹瀉等全身症狀,尿常規多正常,亦可出現紅細胞。卵巢囊腫蒂扭轉和宮外孕一般尿檢正常,病變局限於下腹部。必要時可行妊娠尿試驗和盆腔穿刺檢查以確定有無出血以助鑒別診斷。
腹腔內淋巴結鈣化所在部位陰影於不同時間攝片變動很大,輸尿管結石陰影的位置相對比較固定。側位片腹腔內淋巴結鈣化和膽石症陰影位於椎體前方,而輸尿管結石位於椎體前沿後方。