此癌在臨床上主要和下列三種病變相鑒別：
1.霰粒腫
⑴霰粒腫大多離瞼緣較遠，完全位於瞼緣的霰粒腫比較少見。反之，癌期組織容易沿著瞼板腺導管蔓延，故瞼緣受累者多見。
⑵形態上這二者在早期階段是十分相象的，不過在癌瘤，其病變表麵的結膜往往比較粗糙，並且有時見到黃色的斑點。在霰粒腫病變處結膜一般呈青灰色或稍充血，表麵一般是光滑的。
⑶霰粒腫切開時，裏麵可見含一種膠質樣內容物，如有繼發性感染和液化，就會有灰黃色液體從切口處溢出。在癌瘤則是質地硬而脆的黃白色腫瘤組織。霰粒腫自動穿破後，可形成息肉樣肉芽組織，不象在癌瘤中所見到的那樣表麵粗糙的菜花樣腫物。
⑷青年時期腺體機能分泌旺盛，容易發生霰粒腫。人到老年，腺體趨向萎縮，分泌功能減少，所以在老年人霰粒腫比較罕見。因此在老年人有反複發作的霰粒腫出現時，必須警惕瞼板腺癌發生的可能性，最好將切出的病變組織進行切片檢查，明確病變性質，以免誤診。
2.鱗狀細胞癌：瞼板腺癌在病理上和鱗狀細胞癌十分相似，但在臨床上這兩者卻有顯著區別。
⑴瞼板腺癌好發在上瞼；鱗狀細胞癌多發生在下瞼。瞼板腺癌位置較深，在瞼板當中或在眼瞼皮下深層，而鱗狀細胞癌因為起於皮膚表皮，位置一般較淺。
⑵早期的瞼板腺癌非常像霰粒腫，早期鱗狀細胞癌在皮膚表麵似痣或乳頭狀瘤。晚期的瞼板腺癌的年齡比鱗癌還要大些。
⑶瞼板腺癌女性患者比男性多，而鱗癌的患者則男性遠多於女性。年齡都比較大，但瞼板腺癌的年齡比鱗癌還要大些。
⑷兩者都可以發生轉移，但鱗狀細胞型瞼板腺癌的轉移率60%）比鱗狀細胞癌的轉移率（10%）更高些。
3.基底細胞癌：瞼板腺癌單純根據病理，非常容易誤診為基底細胞癌，因此應當結合臨床方麵的表現進行鑒別。
⑴瞼板腺癌病變位置較深，在皮膚和結膜之間，基底細胞癌一般多起源於皮膚表皮，病變位置較淺，病變部位多位於下瞼近內眥處。
⑵早期的瞼板腺癌似霰粒腫，晚期在皮下形成核桃狀分葉的硬塊，潰破後，有黃白色癌組織暴露，形似菜花狀。基底細胞癌早期似痣，晚期則形成硬底潛行卷邊的典型蠶食性潰瘍。
⑶瞼板腺癌患者女性比男性多；在基底細胞癌，則男女約略相近。
⑷基底細胞型瞼板腺癌的轉移率約為40%，而皮膚基底細胞癌則基本不發生轉移。
