1.克羅恩病 本病可有惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉,尤其當X線顯示黏膜有水腫、腸壁增厚表現為回腸結腸炎者,應與克羅恩病進行鑒別。周圍血嗜酸性細胞增多則提示嗜酸性胃腸炎,發熱、膿血便、腸道有瘺管、狹窄的存在或腸炎性疾病的繼發表現(口炎、關節炎等)則提示為克羅恩病(參見炎症性腸病)。
2.高嗜酸性粒細胞綜合征 高嗜酸性粒細胞綜合征除外周血嗜酸性粒細胞增高外,還伴有多係統多器官受累,如心、腦、腎、肺及皮膚,也可累及胃腸道,出現廣泛的胃腸道嗜酸性粒細胞浸潤,本病病程短,預後差。因此,如有明顯的胃腸道以外器官受累的臨床表現,應考慮本綜合征。
3.放射性腸炎 直腸的慢性病變除潰瘍與糜爛外,殘存腺體增生,杯狀細胞大而增多,可引起黏液便和血便。晚期可發生癌變,但不多見。