皮膚炭疽須與癰、蜂窩織炎、恙蟲病的焦痂、兔熱病的潰瘍等相鑒別。
癰：癰(carbunculus)是由多個相鄰的急性深毛囊炎和毛囊周圍炎相互融合所形成的皮膚深層膿腫病，為多數毛囊性膿頭及多房性膿腫，好發於皮下組織致密部位，常伴有全身中毒症狀。中年以上好發，以老年者居多。
蜂窩織炎：蜂窩織炎(Phlegmon Cellulitis)是皮下組織的化膿性感染。初起時為境界不明顯的彌漫浸潤性斑塊，以後發炎的症狀迅速擴展和加重，局部紅、腫、熱、痛，有顯著的指壓性水腫，有壓痛。皮疹中央部分先是腫硬的斑塊，以後軟化形成膿腫，潰破後排出膿液及壞死組織。急性病人都有高燒、寒戰、頭痛、全身不適等。
恙蟲病的焦痂：主要傳染源是齧齒類，傳播媒介為恙蟎幼蟲。其臨床特點為急性起病、發熱、皮疹、淋巴結腫大、肝脾腫大和被恙蟎幼蟲叮咬處出現焦痂(eschar)等。本病流行於華南一帶，稱之為“沙虱熱”。本病無傳染性，其典型特征為焦痂和潰瘍。人被受恙蟲病立克次體感染的恙蟎幼蟲叮咬後，病原體先在局部繁殖，隨後出現紅色丘疹，不痛不癢，繼成水皰，然後發生壞死和出血，隨後結成黑色痂皮，稱為焦痂。其邊緣突起，周圍有紅暈，呈圓形或橢圓形，大小不等，直徑可為2～15mm，多為4～10mm。 痂皮脫落後即成潰瘍，潰瘍呈圓形或橢圓形，周邊整齊而稍隆起，基底潔淨，為淡紅色肉芽組織，起初常有血清樣滲出液，隨後逐漸減少，形成一個光潔的凹陷麵，偶有繼發性化膿現象。
兔熱病的潰瘍：兔熱病又稱土拉菌病(Tularaemia)、鹿蠅熱，是一種由扁虱或蒼蠅傳播的齧齒動物的自然疫源性急性傳染病。臨床表現主要有發熱，淋巴結腫大，皮膚潰瘍，眼結膜充血、潰瘍，呼吸道和消化道炎症及毒血症等。土拉菌可以被用作生物戰中的致病病菌，感染者會出現高燒、渾身疼痛、腺體腫大和咽食困難等症狀。在感染後的24-48小時後，手指，手臂，眼或口腔頂部等可出現炎性丘疹，此症狀腺型和傷寒型土拉菌病例外。丘疹很快變為膿皰和潰瘍，潰瘍底呈凹陷狀，幹淨，含有稀薄無色的滲出物。在肢體部的潰瘍通常是單個的，而口腔和眼部的潰瘍常是多發性的。
