本病除上述的基本圖像外，尚有毛細血管向表皮垂直生長，似肉牙組織樣，稱修複型。有些結節性筋膜炎可無炎細胞反應，而巨細胞豐富，稱破骨巨細胞型。本病90%發生於皮下，但亦可罕見於其它部位，如肌肉型、血管內型、頭顱筋膜型或其組織形態特殊如囊型、富於細胞型、粘液型和骨化型等，另外在骨膜和某些內髒器官的間質如膀胱、前列腺、陰道、外陰、子宮頸與乳腺等也可見到與結節性筋膜炎相似的病變存在，更易誤診，常需鑒別診斷。
(1)粘液型脂肪肉瘤：腫瘤體積大，常有假包膜形成，腫瘤全為粘液瘤樣，與周圍組織無過渡形態，腫瘤由幼稚的脂肪組織(呈星形或梭型，細胞內有脂滴小空泡，間質內含有豐富的叢狀或分支狀毛細血管網，無炎細胞及異形的成纖維細胞。
(2)纖維瘤病：是一種纖維組織增生性疾病，由膠原纖維和成熟纖維細胞組成，此病組織形態良性，但呈浸潤性生長，極易複發。一般間質不呈粘液、水腫樣，無增生的毛細血管。
(3)纖維肉瘤：腫瘤體積較大，多超過4 cm，其纖維母細胞增生顯著，多呈束狀或交叉狀排列，如羽毛或魚群樣結構。細胞形態幼稚，瘤細胞核有異形性，核分裂象多見，無炎細胞和肉芽組織，罕見粘液樣基質，毛細血管也不增生。
(4)粘液瘤：呈均勻一致的粘液樣組織，與周圍組織無過渡變化，瘤細胞呈小星形、小梭形，細胞間基質為淡藍色粘液，不見或很少見小血管及炎細胞反應。
有時尚需與粘液型惡性纖維組織細胞瘤、皮下纖維組織細胞瘤、腱鞘纖維瘤等相鑒別。
