1.尿常規
約90%的患者可發現尿液異常，尿一般呈酸性。鏡下膿尿和血尿最為常見，伴少量尿蛋白質。尿常規檢查是早期篩選腎結核的重要線索。
2.尿塗片找結核菌
要取24h尿或晨間第1次尿沉澱物直接塗片，作抗酸染色找結核菌，連查3次，50%～70%的患者可查到結核菌。但需注意，若塗片陽性，也不能完全確定，因恥垢杆菌或其他耐酸杆菌可以汙染尿液，從形態學上難以與結核分支杆菌區別，導致假陽性。尤其不能依靠1次陽性結果來診斷。故收集尿液標本時應將外陰及尿道口洗淨避免汙染，檢查前1周應停用所有抗結核藥物，以提高尿檢的陽性率。
3.尿結核菌培養
是診斷腎結核的重要依據，並可進行細菌耐藥性監測。一般認為晨尿標本優於24h尿，因晨尿易於收集且汙染機會較少。但由於結核菌向尿中排泄是間隙性的，故在應用抗結核治療前至少留3天晨尿做結核菌培養，其陽性率可達80%～90%。有些學者提出收集6次晨尿培養更好。
4.免疫學方法
免疫學診斷是根據抗原抗體間的特異性反應原理，以檢測血清及尿中的抗原、抗體、抗原抗體複合物，有助結核病的診斷。常用檢測方法有放免測定法(RIA)及酶聯免疫吸附試驗(ELISA)。湖北醫學院用ELISA測定結核菌抗體診斷腎結核，與病理診斷的符合率為82%，如果同時測定抗原和抗體陽性率可達96.5%，與結核菌培養接近。
5.尿道造影可顯示尿道狹窄部位、長度及是否為多處狹窄。
6.經尿道活檢，組織學檢查可以確診。
