一、檢查：
1.實驗室常用的檢查方法包括塗片染色鏡檢、培養及動物實驗 塗片抗酸染色鏡檢可給臨床提供一個初步的實驗室診斷，其優點為簡便、快捷，但敏感性較低。用金胺-若丹明(auramine-rhodamine)對塗片進行熒光染色後鏡檢，敏感性明顯提高。對於角膜潰瘍可直接刮取潰瘍處組織進行抗酸染色鏡檢及培養;而LASIK術後瓣下浸潤的患者則應掀開角膜瓣取材進行塗片和培養。NTM培養時間比普通細菌長，判定結果一般需7～60天，常用培養基有羅氏培養基、Middlebrook7H9,10,11培養基或吐溫卵蛋白液體培養基。另外，分子生物學技術(主要是PCR技術)可快速、敏感、特異地對NTM作出診斷。
2.細菌學檢查 對疑為NTM肺病患者可取痰液塗片作抗酸染色、痰液培養、支氣管灌洗標本培養。如抗酸染色陽性，應培養後鑒定。如2～3次培養為同一種NTM，即可診斷。對NTM腦膜炎、血源性播散性NTM患者可進行腦脊液、血液或骨髓培養。
3.分子生物學檢查 選用NTM的16S-23 SrDNA基因間隔區序列(IGS)的PCR-限製性片段長度多態性(PCR-restriction fragment length polymorphism，PCR-RFLP)分析，作NTM菌種鑒定，比形態學、生物化學常規方法鑒定更準確、快速與簡便。
4.病理學檢查 對皮膚軟組織NTM感染、NTM淋巴結炎可進行活組織病理檢查。NTM淋巴結炎病理學特征為肉芽腫性炎症，而類上皮細胞及郎漢斯巨細胞形成的結核結節少見，不伴有中心幹酪樣壞死。
Mantoux皮膚試驗：結核分枝杆菌與NTM有共同抗原，雖然PPD皮試可產生交叉反應，但仍有區別之處。取結核分枝杆菌的PPD-T與NTM的PPD-NTM同時進行皮膚試驗，NTM患者對PPD-T硬結直徑一般不超過15mm。如PPD-NTM皮試硬結直徑比PPD-T皮試大5mm或25%以上，即可認為是NTM感染。
