肺炎衣原體感染的潛伏期為15～23 天，可引起上呼吸道感染，如鼻竇炎、中耳炎和咽炎，也可引起下呼吸道感染，但以後者為主，如支氣管炎和肺炎。肺炎衣原體肺炎係衣原體肺部感染的主要形式。不同於鸚鵡熱肺炎，此病患者無病鳥接觸史。肺炎衣原體呼吸道感染多數表現為咽痛、發熱、咳嗽(幹咳為主)，以及胸痛、頭痛、不適和疲勞。受累的肺葉部位可聽到囉音。但再感染的患者呼吸道症狀往往較輕，且較少發展為肺炎。老年肺炎衣原體肺炎患者臨床表現可能較為嚴重，有時是致死性的，尤其是合並細菌性感染或存在慢性阻塞性肺疾病等基礎疾病時。
肺炎衣原體肺部感染的臨床症狀及X線表現均無特異性，不能和其他非典型肺炎相區別，尤其是肺炎支原體肺炎，故確診有賴於實驗室診斷。最可靠的方法是進行肺炎衣原體的培養，取鼻咽部或咽後壁拭子、氣管和支氣管吸出物、肺泡灌洗液等標本培養。最近有報道經胰酶和(或)乙二胺四乙酸鈉(EDTA)處理後的標本肺炎衣原體分離率大大提高。分離物可用肺炎衣原體種特異性單克隆抗體進行鑒定。但由於肺炎衣原體的培養要求高，一般實驗室難以做到。應用PCR試驗對上述標本進行檢測對診斷有很大幫助，但需要注意質量控製，防止出現假陽性結果。微量免疫熒光試驗(MIF)是目前國際上標準的且是最常用的肺炎衣原體血清學診斷方法，除性病門診患者和娼妓特定人群外，肺炎衣原體肺炎的MIF血清學診斷可使用肺炎衣原體單一抗原，即不需要同時檢測沙眼衣原體和鸚鵡熱衣原體抗體。血清學診斷標準為：MIF試驗IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，在排除類風濕因子(RF)所致的假陽性後可診斷為近期感染，雙份血清抗體滴度4倍或以上升高也診斷為近期感染。1∶16≤IgG<1∶512為既往感染。
