本病臨床過程無特殊性,因而臨床上易漏診。表現為咳嗽、咳膿痰或泡沫痰、胸痛、畏寒、高熱以及相伴出現的肺突變、濕囉音等變化。若在人群集中的地方如軍營、學校、托兒所或醫院中同時出現許多細菌性肺炎病例時應警惕本病的可能,若在痰塗片上發現中性粒細胞內有革蘭陰性腎形雙球菌,應高度懷疑本病,確診依賴於進一步的細菌學檢查。普通的咳痰培養或鼻咽部、喉部拭子培養有時難以獲得陽性結果,往往需要經氣管吸取標本才有可能獲得陽性結果。
原發性腦膜炎奈瑟菌肺炎的臨床表現與肺炎球菌肺炎類似,表現為咳嗽、咳膿痰或泡沫痰、胸痛、畏寒、高熱,以及相伴出現的肺實變,濕囉音等體征變化。早期常有咽喉炎表現。X線表現無特異性,包括斑片影的支氣管肺炎和大葉浸潤,常見於下葉或右中葉,約20%病例伴有胸腔積液。