潛伏期2～28天，一般7～12天。因受染者免疫水平以及受染菌株的不同，臨床表現複雜多樣。
1.早期(感染毒血症期) 發病後3天以內，主要表現為突然寒戰、發熱，體溫可達39℃，多呈弛張熱型，可伴有頭痛，無力，結膜充血或出血，腓腸肌痛及壓痛可在第1天出現，淋巴結腫大第2天出現，以腹股溝及腋窩部為多。
2.器官損傷期 病後3～10天，根據症狀分為不同的臨床類型。
(1)流感傷寒型：為早期症狀的繼續，無明顯或嚴重器官損害及功能不全。
(2)黃疸出血型：即外耳病(Weil’s disease)，國內較少見。
(3)腦膜腦炎型：發病數天即出現腦膜刺激症，重者可抽搐、昏迷、腦疝、呼吸衰竭以及各種神經損害症。
(4)肺出血型：在早期感染中毒症候群的基礎上，出現咯血，但無明顯肺部囉音和呼吸功能障礙者，稱肺出血普通型。如有感染中毒敗血症反應的同時，出現進行性呼吸困難，缺氧和窒息，迅速發展的囉音以及X線表現雙肺彌漫性出血陰影，稱為肺彌漫性出血型。此型發展快，病情進展分3期。
①先兆期：患者麵色蒼白，煩躁逐漸加重，呼吸、心率進行性增快，肺部有散在的、逐漸增多的幹、濕囉音，可有血痰或咯血。
②出血期：如先兆期內未及時治療，短期內麵色極度蒼白，唇發紺，煩躁。呼吸心率顯著加快。第一心音減弱或出現奔馬律，雙肺布滿濕囉音，多數有不同程度的咯血。
③垂危期：如病情未能控製，可在短期內(1～3天)病情迅速加劇，表現極度煩躁不安，神誌模糊，甚至昏迷。喉有痰鳴，極度發紺，大口鮮血從口、鼻湧出(呈泡沫狀)，可發生窒息，心率減慢，呼吸不規則甚至停止。上述演變過程短則數小時，長則12～24h。該病的發病機製可能由於機體對病原體及其有毒物質的超敏反應的結果。其理由：A.發病迅速、凶猛，恢複亦迅速。肺部病灶消失快，未見血管破裂，大出血是經過充血、淤血和溢血3個過程;B.激素治療有特效;C.凝血功能正常，未見DIC表現。
3.後期 起病7～14天後，大部分病人很快恢複;部分病例經早期感染中毒症狀後，無中期明顯器官損害，即進入後期，表現為後期的並發症。
本病臨床表現複雜，因而早期診斷較為困難，易誤診、漏診。應結合流行病學特點。早期的臨床症狀和病原學和血清學檢查綜合判斷，並與其他疾病鑒別。
