安徽醫科大學第二附屬醫院是一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康複等多功能於一體的非營利性、三級甲等規模的現代化綜合性教學醫院。醫院於2008年開診，2013年率先在安徽省按照原衛生部部頒標準通過國家三級醫院等級評審。2017年初，醫院以高分通過JCI（Joint Commission International, 醫療機構評審聯合委員會國際部）評審，成為安徽省首家獲得JCI認證、全國第十家以學術型醫學中心醫院通過JCI評審的大型公立醫院。
近年來，醫院先後榮獲了“全國衛生先進單位”、“全國百姓放心示範醫院”、“全國創先爭優先進基層黨組織”、“全國醫院文化建設先進單位”和“全國城市醫院思想政治工作先進單位”稱號。同時，因在醫療服務創新方麵做出突出成績，被國家衛計委評為“改善醫療服務創新醫院”，成為安徽省**獲此殊榮的省級三甲醫院。
醫院位於合肥市經濟技術開發區、高新技術開發區和政務文化新區交彙處，占地190.68畝，總建築麵積281668平方米，目前開放床位2200餘張。院內以連廊及科學的流線設計將醫用、人流、物流科學分開，配以現代醫用淨化空調、全麵集成數字化信息係統、完善的生活休閑服務設施和大麵積休閑綠地，共同構築了一座花園式、人性化的大型醫院。隨著醫院的穩健發展，門急診、住院人數等業務指標迅速攀升。
醫院堅持人才強院、科教興院戰略，實行積極引進和培養使用相結合的方針，建立了一支戰鬥力強、潛力大的醫療、教學、科研和管理人才隊伍。截至2018年10月，醫院在崗2100餘人，其中高級職稱280餘人，博士學曆121人，碩士學曆632人，博士生導師28人，享受國務院特殊津貼1人，省政府特殊津貼3人，國家衛生計生突貢中青年專家1人，省學術技術帶頭人及後備人選14人，“江淮名醫”7人，皖江學者特聘教授1人、青年皖江學者2人，省衛生係統青年領軍人才9人。省級以上學術團體主委及副主委118人。
醫院學科齊全，綜合診療水平高，目前共開設了30餘個臨床科室和10餘個醫技科室，有腫瘤科、麻醉與圍術期醫學科、呼吸與危重症醫學科、骨科、腎內科、血液內科、兒科7個省級臨床重點專科。醫院為挖掘內在潛力，重點培育發展，著力實施“建名科、樹名醫”戰略，加大對學科建設的投入和扶持力度，2015年確定麻醉與圍術期醫學科、腎髒內科、康複運動醫學科、骨科、泌尿外科、檢驗科、眼科和放射科8個院級重點發展專科。醫院以這些重點學科為依托，整合資源，協調發展，形成具有我院特色的學科建設方向。
在科研工作方麵，醫院進一步明確質量立院，科教興院，人才強院的發展道路。醫院擁有規範化的中心實驗室和標本庫，為臨床科研提供了堅實的平台支撐。在醫院決策層的積極倡導和大力支持，以及科研工作人員的帶動下，醫院共有42項國家自然科學基金項目。主編或參編學術著作60餘部；發表學術論文2860篇，其中SCI收錄期刊論文379篇、**影響因子高達36.37分，中文核心期刊論文702篇。
作為安徽醫科大學直屬附屬教學醫院，醫院教學師資充足，設施齊全，建有占地約1000平方米的臨床教學技能培訓中心和教研室用房，是美國心髒協會（AHA）心血管急救培訓中心、安徽省住院醫師規範化培訓基地。承辦國家級繼教項目121項，省級繼教項目114項，參加總人數超36000人次，承擔大學理論課26654學時，接收實習生3133人次，畢業各類研究生544人，招錄國家補助規培醫師540人。醫院注重醫學生基本技能理論和實際操作的培訓，2016年代表安徽醫科大學獲得第八屆大學生臨床技能大賽華東賽區一等獎及全國總決賽一等獎。
