阜陽市第二人民醫院始建於1972年，前身為阜陽行署傳染病醫院，1997年在全國專科醫院中首家按照綜合醫院標準通過二級甲等綜合醫院評審。2011年初在全省首家通過三級甲等傳染病專科醫院評審，正式成為以“強專科、大綜合”為特色的三級甲等醫院。同時，也是安徽醫科大學阜陽臨床學院，蚌埠醫學院教學醫院，多項診療技術居阜陽市領先水平，是皖西北地區醫療、預防、教學、研究中心之一，醫療服務範圍輻射周邊省、市地區。年門急診總量達40餘萬人次，住院病人達4萬餘人次。
全院占地麵積6.07萬平方米， 建築麵積為8.79萬平方米， 是阜陽市規模較大的醫院之一，擁有固定資產3.6億元，在職職工1293 人，其中高中級專業技術人員650人，編製床位 1000 張，實際開放床位1200 張。傳染病部分 設有感染一科、感染二科、感染三科、感染病 ICU 、應急病區、結核病科、肝病一科、肝病二科、肝病三科;內科部分 設有呼吸內科、腎病科、血液淨化科、心血管內科、神經內科、內分泌科、消化內科、血液內科、腫瘤內科、幹部病房(心血管二科);外科部分 設有普外科、胸心外科、神經外科、泌尿外科、泌尿男科、血管外科、骨科、婦科、產科、皮膚科;其它臨床學科設有兒科、急診科、重症醫學科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、高壓氧科、麻醉科、手術室; 醫技科室 設有 CT 室、磁共振室、放射科、介入診療科、超聲科、功能檢查科、檢驗科、 PCR 實驗室、病理科、係列內鏡檢查科等 50 個學科，以及中西醫結合肝病研究所和健康體檢中心。其中 呼吸內科、肝病科為安徽省“十二五”臨床醫學重點培育專科，腎髒病科為阜陽市臨床醫學重點學科，血液淨化科、骨科、胸心外科、感染科和結核科為阜陽市特色學科。
擁有日本東芝 64 排螺旋 CT、荷蘭飛利浦 1.5T HP 磁共振、 美國 GE 1000mA LCE+ 型數字減影血管造影機(大 C 臂)、美國 GE 數字 X 線攝影(DR )、美國柯達 CR ，德國西門子直線加速器、日本島津 800mAX 光機、飛利浦IU-22 型和HD-11型彩超、彩色多普勒數字化超聲，日本全自動生化分析儀，日本希施美康血液分析儀，美國雅培I2000型全自動免疫發光分析儀，法國梅裏埃細菌培養鑒定儀，愛爾蘭NPB-840 型、 Servo-s型 、 Servo-I型 等係列呼吸機，德國費森尤斯 4008B 型、德國貝朗 Dialong+ 型、瑞典金寶 AK95S 型和日裝機DBB-27型係列血液透析機，德國費森尤斯 4008S 型、床邊CRRT、金寶 AK200超濾 型和日裝機DBB-7型血液透析濾過機， 歐林巴斯係列纖維支氣管鏡、電子胃鏡、結腸鏡，瑞士 EMS 氣壓彈道碎石機，德國狼牌腹腔鏡、胸腔鏡、膽道鏡、宮腔鏡、前列腺電切，高壓氧艙、德國貝朗 CRRT 人工肝支持係統等一係列高新醫療設備。
近年來，該院堅持以病人為中心，以質量為核心，以科技為先導，近年曾獲部、省、市級科技成果獎 76 項，能夠開展多種專科專病治療和疑難手術。多次成功有效應對非典、人禽流感、手足口病、甲型 H1N1 流感等突發公共衛生事件重症病人救治工作， 為保障群眾的健康及生命安全作出了突出貢獻。2003 年院黨委被中央組織部授予“全國非典防治先進基層黨組織”，醫院被國家人事部、衛生部聯合授予“全國非典防治先進單位”;2006 年和 2007 年連年分別榮立阜陽市人民政府人禽流感救治工作和 5·4 氨中毒救治工作集體二等功;2006 年 5 月被省衛生廳表彰為“安徽省人禽流感救治工作先進單位”;2006 年底被評為阜陽市誠信醫院;2007年 6 月、 2009 年 5 月和 2011 年 8 月，連續三次被評為阜陽市第五屆、第六屆、第七屆文明單位; 2011 年 10 月，被省委、省政府評為第九屆安徽省文明單位;2008 年 3 月被省衛生廳評為全省衛生係統先進集體，10 月被省政府評為安徽省手足口病防治工作先進集體; 2011 年 9 月，被市政府評為阜陽市先進集體; 2012 年6 月，被中國醫院協會表彰為第四屆全國醫院(衛生)文化建設先進單位; 2014年 4 月被表彰為安徽省勞動競賽先進集體。並多次被阜陽市委、市政府命名為全市衛生工作先進單位、科技工作先進單位，阜城窗口行業“十佳單位”、“價格誠信建設示範單位”、“行風建設先進單位”和“十佳黨委”等光榮稱號。
