一、發病原因
禽流感首次發生在意大利，那年是1878年，當時人們稱之為雞瘟。直到1900年才首次發現一種叫做濾過性病毒的其病原體，也稱為真性雞瘟病毒。到了1955年才經血清學證實為禽流感病毒(avian influenza virus)。
1.禽流感病毒的形狀及基因組
病毒基因組為分節段單股負鏈RNA。禽流感病毒屬正黏病毒科甲(A)型流感病毒屬，常見形狀為球形，平均為100nm，直徑80～120nm，有包膜。而新分離的或傳代不多的病毒多為絲狀體，長短不一，長可達4000nm。
2.禽流感病毒的分型及毒力
根據其外膜血凝素(HA)和神經氨酸酶(NA)蛋白抗原性的不同，禽流感病毒有許多亞型。目前已從禽類鑒定出15個HA亞型(H1～H15)，9個NA亞型(N1～N9)。
(1)在這些亞型當中，值得指出的是H5和H7亞型，這兩種亞型可引起禽類重症流感的暴發流行，對禽類具有高度的致病力。
(2)其次為H9和H4亞型。人們一直認為禽流感病毒對人類並無致病性，那是因為人流感的每次大流行均與H1～H3和N1、N2相關。曆史上多次暴發的禽流感，但並未見有關禽流感病毒感染人類的報道，比如最為嚴重的1983年美國和1995年墨西哥的兩次大暴發。一般來說，要致導感染，對於特定生物，病毒需要特定基因來製造表麵蛋白質，以便與生物體內的蛋白質結合成功。雖然說不同病毒分別感染不同的生物，越過物種界限並不容易，但是如果人與動物接觸頻繁，則毒株發生變異的概率變高，有可能感染人類。在1997年5月香港1例死於不明原因的多髒器功能衰竭的3歲男童體內分離出1株甲型流感病毒，並於同年8月經荷蘭國家流感中心以及美國疾病預防和控製中心(CDC)先後鑒定為H5N1禽流感病毒。這也成了世界上第一例人類感染甲型禽流感病毒H5N1。之後相繼有H9N2(1999年香港)和H7N7(2003年荷蘭)亞型感染人類的報道。2003年12月和2004年底東南亞地區相繼爆發禽流感在禽類中流行，據報告泰國及越南還出現了高致病性禽流感病毒傳染給人的病例。亞洲已有44人感染H5N1禽流感病毒，32人死亡，並從越南患者獲得病毒抗原表麵基因片段證實與H5N1亞型相同。這種種跡象暗示著H5N1亞型感染者病情重，病死率高。
3.禽流感病毒的特異性和變異性
禽流感病毒不僅其外膜HA受體結合中心部位氨基酸的突變可能會改變其宿主特異性，而且禽流感病毒血清亞型多，分布廣，傳染性強，具有一定的宿主特異性，並且變異也非常快。禽流感病毒主要有抗原性漂移(antigenic drift)和抗原性轉變(antigenic shift)這兩種變異方式，這點與其它甲型流感病毒一樣。近來通過分析香港1997年分離的18株禽流感病毒H5N1以及1999年分離的H9N2，結果是其並未進行基因重組，即禽流感病毒能直接傳給人類，因為發現其中均不含有人類及豬等哺乳動物的基因片斷。全球流感大流行的條件是，感染了人類的禽流感病毒和人流感病毒在人體細胞中發生重組，獲得人體基因片斷並具備對人類細胞的親嗜性。
4.禽流感病毒的穩定性
(1)禽流感病毒對多種化學製劑敏感。像常用消毒劑如氧化劑、稀酸、月桂硫酸鈉、鹵素化合物(如漂白粉和碘劑)等容易將其滅活。對乙醚、氯仿、丙酮等有機溶劑均敏感。
(2)除此之外，禽流感病毒對熱比較敏感，56℃加熱30 min，60℃加熱10 min，65～70℃加熱數分鍾或煮沸(100℃)2min可使該病毒滅活。
(3)其傳染性也可由陽光直射40～48h或用紫外線直接照射直接破壞。
(4)而在自然條件下，某些病毒由於受到有機物的保護，因而具有極大的抵抗力。例如，病毒在糞便中可存活1周，在水中可存活1個月，在pH<4.1的條件下也具有存活能力。更有甚者，此病毒對於低溫的抵抗力也非常強，有甘油保護的情況下可保持活力1年以上，於-20℃或真空幹燥下可長期存活。
二、發病機製
對1997年香港6例死亡病例中的2例和2003年荷蘭1例死亡獸醫進行解剖後發現，其症狀與病毒性肺炎伴高壓通氣後遺症類似，不僅肺髒充血和水腫，切麵暗紅色、堅硬，呈囊性、灶性和出血性實變，而且有嚴重的彌漫性損害，並伴有間隔纖維化。
香港的2例死亡患者病理學檢查還顯示，血液和淋巴組織係統以反應性噬血細胞綜合征為主要特征，大量鐵顆粒在組織細胞中沉積，體內多處淋巴結可見髓腔擴大、灶性壞死伴噬紅細胞現象。脾有輕度的擴大伴白髓萎縮。另外還有廣泛肝小葉中心壞死及急性腎小管壞死，血液中可溶性IL-2受體、IL-6、γ幹擾素水平升高。推測病毒的靶細胞在呼吸道，病毒在呼吸道複製後，通過反應性噬血細胞綜合征導致細胞因子水平的急劇升高。這些都提示禽流感H5N1病毒感染的發病機製可能與人流感病毒H1～H3亞型感染不同。由於目前資料有限，發病機製有待於深入研究。
在荷蘭患者的身上發現一些形狀大，有大細胞核，粗糙的染色質和明顯的核仁的非典型細胞，如肺組織可見上皮細胞再生，非典型肺上皮細胞和纖毛上皮細胞零星分布在肺泡間隔和支氣管壁。
用免疫組化方法檢查3例患者肺組織不僅未找到流感病毒抗原，也未發現繼發性細菌性肺炎。
